Il relitto fu ispezionato con un [[Remotely operated vehicle|ROV]] già pochi giorni dopo il naufragio dalla Rockwater A/S<ref Group = JC Name = Chapt8>{{Cita web | autore = Joint Accident Investigation Commission | url = http://www.onnettomuustutkinta.fi/estonia/chapt08_1.html | titolo = Chapter 8 - Observations after the accident | data = 1997 | lingua = en | accesso=10 gennaio 2010}}</ref><ref Group=JC Name=suppl513>{{Cita web | url = http://www.onnettomuustutkinta.fi/uploads/ukidsp8j4.pdf | titolo = Condition Survey of the Vessel "Estonia" for the Swedish National Maritime Administration. Survey Report. (Supplement No. 503), Rockwater A/S, | lingua = en | accesso = 11 gennaio 2010 | urlmorto = sì | urlarchivio = https://web.archive.org/web/20120224114418/http://www.onnettomuustutkinta.fi/uploads/ukidsp8j4.pdf | dataarchivio = 24 febbraio 2012 }}</ref>. Secondo il rapporto ufficiale, il disastro fu causato dal cedimento della celata di prua, che strappandosi spalancò la rampa di accesso al garage, permettendo così all'acqua di invadere la nave. L'equipaggio non si rese conto immediatamente del guasto perché la celata di prua si ruppe in modo tale che nessuno dei sensori di sicurezza posti su di essa entrò in funzione a segnalarne l'apertura<ref Group = JC Name = Chapt13.4>{{Cita web | autore = Joint Accident Investigation Commission | url = http://www.onnettomuustutkinta.fi/estonia/chapt13_2.html#2 | titolo = Chapter 13.4 - Advance indications and alarms from the bow area | data = 1997 | lingua = en | accesso=11 gennaio 2010}}</ref>; inoltre, la prua non era visibile dal ponte di comando<ref Group = JC Name = Figure3.4>{{Cita web | autore = Joint Accident Investigation Commission | url = http://www.onnettomuustutkinta.fi/estonia/kuvat/kuva3_4.gif | titolo = Figure 3.4 Approximate field of vision from the bridge. (Chapter 3.2.7 - Bridge layout) | lingua = en | accesso=11 gennaio 2010}}</ref>. L'ipotesi che il naufragio potesse essere stato causato da una bomba, ripresa più volte dai media, è stata esclusa definitivamente dalla commissione di investigazione<ref Group = JC Name = suppl62>{{Cita web | autore = The Finnish group of the former Joint Accident Investigation Commission | url = http://www.onnettomuustutkinta.fi/uploads/ipg62.pdf | titolo = Suggestions of bombs omboard M/V Estonia, memorandum September 24, 1999 | data = 1999 | lingua = en | accesso=11 gennaio 2010}}</ref>.
Nel volume "Terrore dal mare", di William Langewiesche, Adelphi, 2005, si approfondiscono numerosi aspetti dell'incidente attribuendo la causa principale alla scarsa manutenzione della nave e a un problema alle guarnizioni della rampa auto non risolto nei sei mesi precedenti il naufragio.
