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Nel [[Giurassico]], i nautiloidi sono segnalati soprattutto in sedimenti bacinali e divengono abbastanza frequenti (anche se molto meno delle ammoniti) nelle facies di [[Rosso Ammonitico]], diffuse dalla parte terminale del Giurassico Inferiore a tutto il Giurassico Superiore, in tutta l'Italia (Sardegna esclusa).
 
Nel [[Cretaceo]] i rinvenimenti in facies di bacino sono molto meno frequenti e piuttosto sporadici, come del resto per gli altri cefalopodi, probabilmente per condizioni ambientali e deposizionali<ref>relative alla tipologia di depositi e alle modalità di [[sedimento|sedimentazione]].</ref> meno favorevoli alla loro fossilizzazione. In questo periodo infatti in Italia si sedimentano prevalentemente facies [[torbiditi]]che, con elevato tasso di sedimentazione, e facies emipelagiche depostesi a profondità elevata, superiore alla superficie[[Profondità di compensazione dei carbonati|profondità di compensazione dell'[[aragonite]] o ACD (''Aragonite Compensation Depth'')<ref>Superficie al di sotto della quale si realizzano condizioni di pressione e temperatura per le quali l'[[aragonite]] (fase [[metastabile]] del carbonato di calcio), passa in soluzione nelle acque marine e non si sedimenta. La profondità della ACD dipende dalla solubilità del carbonato di calcio (CaCO<sub>3</sub>), che è determinata dalle condizioni di pressione e temperatura e dalla concentrazione di anidride carbonica (CO<sub>2</sub>). La solubilità della CO<sub>2</sub> aumenta con l'aumentare della pressione e il diminuire della temperatura. Il carbonato di calcio negli oceani attuali passa in soluzione tra circa 4200 m e 5000 m, e la ACD si trova verso il limite superiore di questo intervallo di profondità. È possibile però che la profondità di questa superficie fosse diversa nelle ere geologiche passate.</ref>, oppure facies di piattaforma carbonatica in cui i nautiloidi di quel periodo non vivevano. Nelle Alpi meridionali sono tuttavia presenti nautiloidi (associati ad ammoniti) in alcuni livelli emipelagici all'interno del [[Flysch Lombardo]] e delle facies di [[Scaglia]] tardo-cretaciche. In Sardegna orientale ([[Barbagia]] e [[Ogliastra]]) si hanno sedimenti pelagici con nautiloidi.
 
=== Cenozoico ===