Magaldrato agisce tramite la neutralizzazione dell'acido gastrico. L'attività antiacida comporta un rapido innalzamento del pH gastrico ad un valore compreso tra 3 e 5 non si verifica un effetto di rimbalzo dell'acidità. Come effetto aggiuntivo la pepsina viene ad essere prima inattivata ed infine adsorbitaassorbita dal magaldrato. Il farmaco è in grado di legare una notevole quantità di sostanze contenute nel reflusso duodeno-gastrico e tale legame è dose-dipendente e pH-dipendente. Tra le sostanze legate si segnalano gli acidi biliari e la lisolecitina, noti aggressori in caso di gastrite, esofagite, ulcera peptica ed ulcera da stress. È stato calcolato che 800 mg di magaldrato siano sufficienti a neutralizzare circa 18-25 mEq di acido cloridrico.<ref name="pmid6784737">{{Cita pubblicazione | cognome = Baur | nome = C. | coautori = A. Becker; R. Linder; T. Schwan | titolo = [Neutralizing capacity, pepsin inactivation and binding to bile acids and lysolecithin of the antacid magaldrate (author's transl)]. | rivista = Arzneimittelforschung | volume = 31 | numero = 3 | pagine = 504-7 | anno = 1981 | pmid = 6784737 }}</ref><ref name="pmid6439224">{{Cita pubblicazione | cognome = Beneyto | nome = JE. | coautori = JL. Fábregas; J. Moragues; RG. Spickett | titolo = Evaluation of a new antacid, almagate. | rivista = Arzneimittelforschung | volume = 34 | numero = 10A | pagine = 1350-4 | anno = 1984 | pmid = 6439224 }}</ref>
Tra i vantaggi del farmaco vi è pure un basso contenuto di sodio.<ref name="pmid6662972">{{Cita pubblicazione | cognome = McCafferty | nome = DF. | coautori = AD. Woolfson | titolo = A comparative assessment of a new antacid formulation based on magaldrate. | rivista = J Clin Hosp Pharm | volume = 8 | numero = 4 | pagine = 349-55 | mese=dicembre| anno = 1983 | pmid = 6662972 }}</ref>
