IlShredder, il temibile nemico delle [[Tartarughe Ninja]], Shredder, è morto. Leonardo è stato mandato dal Maestro Splinter nell'[[America del Sud]] per affinare le sue qualità di leader del gruppo mentre Donatello, Michelangelo e Raffaello sono rimasti a [[New York]]. Senza il loro fratello si sentono perduti. Donatello ha aperto una società di consulenza telefonica per chi ha problemi con il computer, Michelangelo anima feste di compleanno per ragazzini nei panni di Cowabunga Carl, mentre Raffaello dorme tutto il giorno e di notte, all'insaputa dei fratelli, combatte il crimine sotto le spoglie di Nightwatcher, il guardiano della notte. Nel frattempo April e Casey hanno ottenuto un lavoro presso Maximilian Winters, un miliardario che colleziona oggetti antichi e che ha al suo servizio anche l'intero Foot Clan. Presto a New York succederanno strani eventi e le quattro tartarughe dovranno riunirsi, avere di nuovo fiducia nel loro leader, mettere da parte le invidie e le rivalità e intervenire per salvare la città.
