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La posizione tassonomica dei Foraminifera è cambiata dal tempo del riconoscimento come protozoi (protisti) da parte di Schultze nel 1854<ref name = Treatise>{{Cita libro|cognome=Loeblich Jr |nome=A.R. |nome2=H. |cognome2=Tappan |capitolo=Foraminiferida |titolo=Part C, Protista 2 |editore=Geological Society of America |anno=1964 |isbn=0-8137-3003-1 |pp=C55–C786 |serie=Treatise on Invertebrate Paleontology }}</ref>, allora considerati un ordine, i Foraminiferida. Alfred Loeblich e Helen Tappan Loeblich (1992) riclassificarono i Foraminifera come una classe<ref name = Sen_Gupta02>{{Cita libro|nome=Barun K. |cognome=Sen Gupta |titolo=Modern Foraminifera |url=http://books.google.com/books?id=K-3tUmXW-IgC&pg=PA16 |anno=2002 |editore=Springer |isbn=978-1-4020-0598-5 |p=16}}</ref>, posizione che è oggi comunemente accettata.
 
I Foraminifera sono stati inclusi nei [[Protozoa]]<ref name = C-Smith04>{{Cita web|nome=T |cognome=Cavalier-Smith |titolo=Only Six Kingdoms of Life |anno=2004 |formato=PDF |url=http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf}}</ref><ref name = C-Smith03>{{Cita pubblicazione|nome=T |cognome=Cavalier-Smith |titolo=Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa |rivista=European Journal of Protistology |volume=34 |numero=4 |pp=338–348 |anno=2003 |doi=10.1078/0932-4739-00002 }}</ref><ref>{{cita web|url=http://tolweb.org/Cercozoa/121187|titolo= Tolweb Cercozoa}}</ref>, o nel simile [[Regno (biologia)|regno]] dei Protoctista o [[Protista]]<ref>{{cita web|url=http://www.marbef.org/data/aphia.php?p=browser|titolo=European Register of Marine Species}}</ref><ref>[http://www.eforams.icsr.agh.edu.pl/index.php/TAXONOMY eForams-taxonomy] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20111003031806/http://www.eforams.icsr.agh.edu.pl/index.php/TAXONOMY |data=3 ottobre 2011 }}</ref>. Vi è tuttavia una stringente evidenza, basata principalmente sulla [[filogenesi molecolare]], per una loro appartenenza a un più vasto gruppo all'interno dei Protozoa noto come [[Rhizaria]]<ref name = C-Smith04/>. Prima del riconoscimento delle relazioni evoluzionarie tra i membri dei Rhizaria, i Foraminifera erano generalmente raggruppati assieme ad altri [[Amoeba|ameboidi]] come [[phylum]] Rhizopodea (o Sarcodina) nella classe Granuloreticulosa.
 
I Rhizaria sono a volte considerati un "supergruppo", piuttosto che una [[categoria tassonomica]] come un [[phylum]]. Cavalier-Smith definisce i Rhizaria come un infraregno all'interno dei Protozoa<ref name = C-Smith04/>.
* The [http://www.bowserlab.org/starsand.html star*sand project] (part of [https://web.archive.org/web/20080609213132/http://starcentral.mbl.edu/mv/portal.php?pagetitle=index micro*scope]) is a cooperative database of information about Foraminifera
*[http://webdb2.museum.tohoku.ac.jp/e-foram/ 3D models] di foraminiferi, generati da [[tomografia computerizzata]]
* {{collegamento interrotto|1=[http://www.chronos.org CHRONOS] |date=dicembre 2017 |bot=InternetArchiveBot }} has [https://web.archive.org/web/20061115112221/http://portal.chronos.org/gridsphere/gridsphere?cid=res_foram several Foraminifera resources], including a [https://web.archive.org/web/20060512035435/http://portal.chronos.org/gridsphere/gridsphere?cid=res_taxondb taxon search page] and a {{collegamento interrotto|1=[http://portal.chronos.org/gridsphere/gridsphere?cid=micropaleo micro-paleo section] |date=dicembre 2017 |bot=InternetArchiveBot }}
* [http://www.eforams.org eForams] is a web site focused on Foraminifera and modeling of foraminiferal shells
* [http://www.foraminifera.eu Foraminifera Gallery] Illustrated catalog of recent and fossil Foraminifera by genus and locality
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