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Il primo saggio di Lotze fu la dissertazione ''De futurae biologiae principibus philosophicis'', con la quale nel 1838 si laureò dottore in medicina. Quattro mesi dopo prese la seconda laurea in filosofia. Espose le basi del suo sistema filosofico nelle opere ''Metaphysik'' (Lipsia, 1841) e ''Logik'' (1843), oltre ad altri trattati minori pubblicati mentre era ancora studente a Lipsia. Si trasferì poi all'[[Università di Gottinga]], succedendo a [[Johann Friedrich Herbart]] sulla cattedra di filosofia.
 
I suoi primi due libri ebbero poca notorietà e Lotze dapprima venne conosciuto per una serie di lavori <ref>che aspiravano a stabilire i metodi di studio del fenomeno fisico e mentale dell'organismo umano nei suoi stati normali e di disagio, gli stessi principi generali che erano stati adottati per lo studio dei fenomeni nel mondo inorganico. Questi lavori furono ''Allgemeine Pathologie und Therapie als mechanische Naturwissenschaften'' (1842, 2nd ed., 1848), gli articoli "''Lebenskraft''" (1843) e "Seele und Seelenleben" (1846), (pubblicato nel volume di Rudolf Wagner ''Handwörterbuch der Physiologie''), il suo ''Allgemeine Physiologie des Korperlichen Lebens'' (1851), e il suo ''Medizinische Psychologie oder Physiologie der Seele'' (1852).</ref> che aspiravano a stabilire i metodi di studio del fenomeno fisico e mentale dell'organismo umano nei suoi stati normali e di disagio, gli stessi principi generali che erano stati adottati per lo studio dei fenomeni nel mondo inorganico.
 
Quando Lotze pubblicò questi lavori, la scienza medica risentiva ancora l'influenza della [[Filosofia naturale]] di Schelling. Le leggi meccaniche, alle quali le cose esteriori erano soggette, erano concepite come valide nel solo mondo inorganico. Un meccanismo era l'inalterabile connessione di un fenomeno ''a'' con un altro fenomeno ''b'', ''c'', ''d'', sia questo seguente o precedente ad esso; meccanismo era l'inesorabile forma nella quale gli eventi di questo mondo sono verificati, e al quale sono connessi. L'oggetto di quegli scritti era di stabilire il ruolo onnipresente del meccanismo. Ma la visione meccanica della natura non è identica a quella materialistica. Nell'ultimo dei lavori sopra menzionati la questione è discussa a grandi linee: come dobbiamo considerare la mente e la relazione tra la mente e il corpo; la risposta è che dobbiamo considerare la mente come un principio immateriale, la sua azione, tuttavia, sul corpo e viceversa, è puramente meccanica, indicata da leggi fisse di un meccanismo psicofisico.
Queste dottrine di Lotze, pronunciate con distinta e reiterata riserva, poiché esse non contengono una soluzione della questione filosofica riguardante la materia, furono tuttavia considerate da molti essere l'eredità del filosofo, che denunciava i sogni di Schelling o le teorie idealistiche di Hegel. Pubblicati, come furono, durante gli anni in cui la scuola moderna del [[materialismo]] tedesco era al suo apice, questi lavori di Lotze furono annoverati tra la letteratura di opposizione della [[Empirismo|Filosofia empirica]].
 
Il fraintendimento delle sue posizioni indusse Lotze a pubblicare un pamphlet polemico (''Streitschriften'', 1857), nel quale corresse due errori. La propria opposizione al formalismo di Hegel aveva indotto alcuni ad associarlo alla scuola materialistica, altri a contarlo tra i seguaci di Herbart. Lotze negò di appartenere alla scuola di Herbart <ref>H.Lotze, ''Logica, op.cit'', p.122</ref> tuttavia ammise che, storicamente, la dottrina che portava agli insegnamenti di Herbart, poteva portare alle sue visioni personali (vedere la [[monadologia]] di [[Gottfried Leibniz|Leibniz]]).
 
== Filosofia ==
===Il microcosmo===
 
Quando scrisse le sue precisazioni riguardo all'originalità del suo pensiero rispetto a Hegel e Herbart <ref>''Dizionario di filosofia'' Treccani, (2009) alla voce corrispondente</ref>, Lotze aveva già pubblicato il primo volume del suo ''Mikrokosmus'' (<ref>vol. I 1856, vol. II 1858, vol. III 1864)</ref>. In molti passaggi del suo lavoro sulla [[patologia]], [[fisiologia]], e [[psicologia]] del rapporto vita-mente egli aveva chiaramente stabilito che il suo metodo di ricerca non dava una spiegazione di questo fenomeno, ma solo i mezzi per osservare i due termini del rapporto e connetterli insieme di modo che potessimo ottenere i dati necessari per decidere che significato si possa dare all'esistenza di questo [[microcosmo]], o piccolo mondo della vita umana, insito nel [[macrocosmo]] dell'universo.
 
Estende così l'argomento al vasto campo dell'[[antropologia]], iniziando con la struttura complessiva dell'uomo, l'anima, l'unione corpo-anima nella vita, avanzando fino all'uomo e alla sua mente e al corso del mondo intero e concludendo con la storia, il progresso e la connessione universale delle cose.
Ma, ancora, ogni tentativo di pensare chiaramente quali possano essere queste relazioni, quello che noi veramente intendiamo, se parliamo di un ordine fisso di eventi, forza su di noi la necessità di pensare anche che le cose differenti che stanno in relazione alle fasi differenti che seguono le une alle altre non possono essere esternamente messi insieme o fatti avvicinare da alcuni indefinibili poteri esteriori nella forma di alcune predestinazioni o destini inesorabili.
Le cose stesse che esistono e le loro fasi di cambiamento devono stare in alcune connessioni interne; essi stessi devono essere attivi o passivi, capaci di fare o soffrire. Questo ci condurrebbe alla visione di [[Leibniz]], che il mondo consiste di [[monadologia|monadi]], esseri auto-sufficienti che conducono una vita interiore. Questa idea però implica la concezione seguente di Leibniz, quella dell'armonia prestabilita, per la quale il creatore si è preso cura di sistemare la vita di ogni monade, così che vada d'accordo con quella di tutte le altre.
 
Questa concezione, in accordo con Lotze, non è né necessaria né intelligibile. Perché non interpretare all'inizio e rendere intelligibile la concezione comune originatasi nella scienza naturale, quella di un sistema di leggi che governa tutte le cose? Nel tentativo di rendere chiara e pensabile questa concezione, noi siamo però forzati a rappresentare la connessione delle cose come una sostanza universale, l'essenza della quale noi la concepiamo come un sistema di leggi che sottolinea ogni cosa e in sé stessa connette tutto, ma è impercettibile, e conosciuta da noi solo attraverso le impressioni che essa produce in noi, che noi chiamiamo cose.
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