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Alcune forme si sono rivelate veicoli di numerosi agenti patogeni sia per l'uomo che per gli animali domestici.
Molte specie, tra le più comuni, possono trasmettere il virus della [[rabbia]] tramite morsi o lesioni, poiché risultano essere portatori sani di questa malattia.<ref>[http://www.batcon.org/index.php/bats-a-people/bats-and-rabies.html Pagina dal sito www.batcon.org sulla rabbia nei pipistrelli] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20130304065103/http://www.batcon.org/index.php/bats-a-people/bats-and-rabies.html |data=4 marzo 2013 }}</ref>
Ricercatori hanno isolato il virus [[Ebola]] in almeno tre specie africane di [[Pteropodidi]].<ref>{{cita pubblicazione|autore=Eric M. Leroy & al|titolo= Fruit bats as reservoirs of Ebola virus|rivista=Nature|anno=2005|numero=438|pp=575-576}}</ref>
Gli animali infettati risultavano portatori sani, privi di qualsiasi sintomo.
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