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Numerosi colleghi avanzarono dubbi all'aumentare delle scoperte annunciate e pubblicate. La professoressa Lydia Sohn, allora all'[[Università di Princeton]], notò che due esperimenti effettuati a temperature molto diverse mostravano lo stesso rumore di fondo, in contraddizione con quanto atteso. Dopo essere stato avvertito dalla redazione di ''Nature'' del problema, Schön dichiarò d'avere accidentalmente scambiato due grafici.
 
Il professor Paul McEuen della [[Cornell University]] scoprì allora che lo stesso rumore di fondo, appariva anche in un altro articolo, che si riferiva a un esperimento diverso. Ulteriori ricerche effettuate da McEuen, Sohn e altri fisici, fecero emergere nei lavori di Schön, numerosi esempi di dati duplicati. Questo diede inizio ad una serie di reazioni nel mondo della fisica che indusse rapidamente la Lucent Technologies, casa madre dei Bell Labs, a istituire un'inchiesta formale.<ref name="BeasleyReport">Beasley, Malcolm R.; Supriyo Datta, Herwig Kogelnik, Herbert Kroemer (September 2002). "Report of the Investigation Committee on the possibility of Scientific Misconduct in the work of Hendrik Schon and Coauthors", Bell Labs.</ref><ref name="Cassuto">{{Cita web |editore=Salon.com |cognome=Cassuto |nome=Leonard |titolo=Big trouble in the world of "Big Physics" |data=16 settembre 2002 |url=http://dir.salon.com/story/tech/feature/2002/09/16/physics/index.html# |urlmorto=sì |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080925065126/http://dir.salon.com/story/tech/feature/2002/09/16/physics/index.html |dataarchivio=25 settembre 2008 }}</ref>
 
Nel maggio 2002 i Bell Labs nominarono un comitato d'inchiesta esterno, diretto dal professore [[Malcolm Beasley]] dell'[[Università di Stanford]]. Il comitato ottenne informazioni da tutti i coautori degli articoli di Schön, e intervistò i tre principali (Zhenan Bao, Bertram Batlogg e Christian Kloc). Vagliò in dettaglio i dati elettronici dei risultati presentati negli articoli incriminati. Alla richiesta del comitato di avere accesso ai dati originali, Schön affermò di non aver tenuto nessun archivio né un quaderno di laboratorio. Inoltre tutti i suoi campioni sperimentali risultarono danneggiati e inutilizzabili, rendendo impossibile una ripetizione degli esperimenti.
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