Gli [[anni 2000|anni duemila]] iniziano con la Dinamo Dresda nella [[NOFV-Oberliga]], ma nel [[2002]], dopo aver battuto tutti i record di pubblico, la squadra risale in [[Regionalliga|Regionalliga Nord]]; tale rinascita è determinata anche dall'ingaggio dell'allenatore [[Christoph Franke]]. Il 5 giugno [[2004]], davanti a 36.000 spettatori la squadra può festeggiare la risalita in Zweite Bundesliga con una giornata di anticipo; la sconfitta all'ultima giornata con l'[[KFC Uerdingen 05|Uerdingen]] si rivela infatti ininfluente.
Nella [[2. Fußball-Bundesliga 2004-2005|stagione 2004-2005]] la Dinamo parte con l'obiettivo della salvezza, ma inizia il campionato battendo 3-1 il [[MSV{{Calcio Duisburg|Duisburg]]N}}<ref>{{cita web|http://www.kicker.de/news/fussball/2bundesliga/spieltag/2-bundesliga/2004-05/1/0/spieltag.html|titolo=2. Bundesliga - Spieltag / Tabelle|pubblicazione=www.kicker.de|accesso=23 febbraio 2014|lingua=de}}</ref>, squadra che alla fine sarà promossa. Ad ogni modo, alla fine del girone di andata la Dinamo si ritrova in zona retrocessione, con soli 18 punti conquistati<ref>{{cita web|http://www.kicker.de/news/fussball/2bundesliga/spieltag/2-bundesliga/2004-05/17/0/spieltag.html|titolo=2. Bundesliga - Spieltag / Tabelle|pubblicazione=www.kicker.de|accesso=23 febbraio 2014|lingua=de}}</ref>. La ventunesima giornata segna però l'inizio della rimonta: arrivano 16 punti, frutto di sei partite consecutive senza sconfitte; già alla trentaduesima giornata la squadra può festeggiare la permanenza nella categoria, vincendo per 1-0 il derby della [[Sassonia]] con l'[[Erzgebirge Aue]]<ref>{{cita web|http://www.kicker.de/news/fussball/2bundesliga/spieltag/2-bundesliga/2004-05/32/0/spieltag.html|titolo=2. Bundesliga - Spieltag / Tabelle|pubblicazione=www.kicker.de|accesso=23 febbraio 2014|lingua=de}}</ref>. Nella [[2. Fußball-Bundesliga 2005-2006|stagione successiva]], invece, la Dinamo ha la soddisfazione di battere il [[Monaco 1860]] nel nuovo suo stadio, l'[[Allianz Arena]]<ref>{{cita web|http://www.kicker.de/news/fussball/2bundesliga/spieltag/2-bundesliga/2005-06/4/0/spieltag.html|titolo=2. Bundesliga - Spieltag / Tabelle|pubblicazione=www.kicker.de|accesso=23 febbraio 2014|lingua=de}}</ref>, tuttavia la squadra precipita presto in zona retrocessione. Il 15 dicembre [[2005]] [[Peter Pacult]] sostituisce Franke alla guida della squadra, ma nonostante i nuovi arrivi, la Dinamo Dresda viene retrocessa in Regionalliga il 14 maggio [[2006]] all'ultima giornata, nonostante la vittoria per 3-1 contro l'{{Calcio Hansa Rostock|N}}<ref>{{cita web|http://www.kicker.de/news/fussball/2bundesliga/spieltag/2-bundesliga/2005-06/34/0/spieltag.html|titolo=2. Bundesliga - Spieltag / Tabelle|pubblicazione=www.kicker.de|accesso=23 febbraio 2014|lingua=de}}</ref>.
La Dinamo Dresda ricomincia il campionato di terza serie con un settimo posto nella stagione 2006-2007, mentre l'anno successivo si classifica ottava, posizione che consente al club l'accesso alla neocostituita [[3. Liga]]. Il 24 maggio 2011, poi, vincendo i play-off promozione contro il [[Verein für Leibesübungen von 1899|Vfl Osnabruck]] la squadra così in [[Zweite Bundesliga]], campionato nel quale milita tuttora.
