Inizia la carriera di allenatore in patria, al [[Fudbalski Klub Velež Mostar|Velež Mostar]], per poi far ritorno in [[Francia]] ad allenare il [[Association Sportive Beauvais Oise|Beauvais]], il [[Lille OSC|Lilla]] (dal 1º settembre 1998 al 30 maggio 2002), il [[Stade Rennais Football Club|Rennes]] (dal 14 ottobre 2002 al 30 giugno 2003) e il [[Paris Saint-Germain Football Club|Paris Saint-Germain]], con una parentesi in [[Marocco]] alla guida del [[Raja Casablanca]]. Viene poi ingaggiato dal [[Trabzonspor Kulübü|Trabzonspor]] e dall'[[Ittihad Football Club|Al-Ittihad]].
Nel maggio del [[2008]] assume l'incarico di [[commissario tecnico]] della [[Nazionale di calcio della Costa d'Avorio|nazionale ivoriana]]. Dopo quasi due anni alla guida della Nazionale [[africa]]na viene esonerato il 27 febbraio [[2010]], complice anche la mancata vittoria della [[Coppa delle Nazioni Africane 2010|Coppa d'Africa 2010]].<ref>{{cita web |url=http://www.ansa.it/web/notizie/rubriche/calcio/2010/02/27/visualizza_new.html_1708949242.html |titolo=Mondiali: Costa Avorio senza ct |editore=[[ANSA]] |data=27 febbraio 2010 |accesso=27 febbraio 2010}}</ref> Il 16 agosto [[2010]] viene ingaggiato come tecnico dalla [[Građanski nogometni klub Dinamo Zagreb|Dinamo Zagabria]], società per cui sottoscrive un contratto della durata di due anni e mezzo<ref>[http://www.nk-dinamo.hr/vijest/prikaz/2522/Default.aspx ''Vahid Halilhodžić novi trener Dinama!''] NK Dinamo Zagreb - sito ufficiale 16/8/2010</ref>. Il 27 maggio [[2011]] viene sostituito da [[Krunoslav Jurčić]].
Il 22 giugno successivo viene ingaggiato come CT della [[Nazionale di calcio dell'Algeria|Nazionalenazionale algerina]], firmando un contratto triennale.<ref>[http://www.tuttomercatoweb.com/?action=read&id=276228 Il bosniaco Halilhodzic nuovo ct Algeria], tuttomercatoweb.com</ref> Con la squadra algerina riesce a qualificarsi per i [[Campionato mondiale di calcio 2014|Mondiali del 2014]], centrando la quarta partecipazione ai mondiali per la squadra delle volpi del deserto. Nella competizione riesce a trascinare la sua squadra fino agli ottavi di finale, dove viene sconfitta 2-1 dalla [[Nazionale di calcio della Germania|Germania]] dopo i tempi supplementari, al termine di una buona prestazione degli algerini. Dopo essere stato nuovamente sulla panchina del [[Trabzonspor Kulübü|Trabzonspor]], da cui è stato esonerato l'11 novembre [[2014]]<ref>[http://m.calciomercato.com/news/trabzonspor-ufficiale-esonerato-halilhdzic-758270 Trabzonspor, UFFICIALE: esonerato Halilhodzic | Calciomercato.com<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref>, il 12 marzo [[2015]] diventa l'allenatore del [[Nazionale di calcio del Giappone|Giappone]]<ref>[http://m.tuttomercatoweb.com/resto-del-mondo/ufficiale-halilhodzic-nuovo-commissario-tecnico-del-giappone-656534 UFFICIALE: Halilhodzic nuovo commissario tecnico del Giappone - TuttoMercatoWeb.com<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref>. Tuttavia il 9 aprile 2018 nonostante la qualificazione al [[Campionato mondiale di calcio 2018|Mondiale 2018]] in [[Russia]], viene esonerato dalla federazione nipponica.<ref>{{cita web|url=https://www.tuttomercatoweb.com/resto-del-mondo/ufficiale-giappone-akira-nishino-nuovo-ct-sostituisce-halilhodzic-1097866]]}}</ref>
