L'impianto è servito dei [[treno regionale|treni a carattere regionale]] delle linee [[ferrovia Domodossola-Milano|Domodossola–Milano]], [[ferrovia Varese-Gallarate|Varese–Gallarate]] e [[ferrovia Gallarate-Laveno|Gallarate-Laveno]], nonché della [[Linea S5 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|linea S5]] del [[servizio ferroviario suburbano di Milano]] e dalla [[Linea S30 (rete celere del Canton Ticino)|linea S30]] della [[rete celere del Canton Ticino]].
DalDa 7 gennaiogiugno 2018 lavi stazioneeffettua èfermata inoltreanche servitauna dalcorsa lunedìsu al sabatodue (dallecon 05.30 allecadenza 20.30bioraria) dalladella linea S50S40 dadella e[[Rete percelere Bellinzonadel eCanton perTicino]], tuttaoperante la settimana (dalle 05.00 alle 24.00) dalla linea S40 da e per Albate Camerlata. Entrambe le relazioni operano contratta [[Orario cadenzato|cadenzamento orarioBellinzona]]. A decorrere da giugno 2018 una corsa su due della S40 viene inoltre prolungata da Varese a -[[Stazione di Malpensa T2|Malpensa Aeroporto Terminal 2]] via [[Varese]]<ref>{{cita web|url=http://tilo.ch/Tools/News-list/Servizi-S40-e-S50.html|titolo= Entrata in servizio completa linee S40 e S50 |editore=TiLo|accesso=19 dicembre 2017}}</ref>. TaliTale serviziservizio sonoè in carico alla società [[TiLo]], che precedentemente (tra il 2011 e il 2018) collegava Gallarate con l'hub aeroportuale mediante la [[Linea S30 (rete celere del Canton Ticino)|linea S30]] da e per Bellinzona/Cadenazzo.
La stazione è servita inoltre da [[Eurocity]] che garantiscono i collegamenti fra [[Milano]] e [[Ginevra]] o [[Basilea]].
