Nel 19872010 Paolo Meneguzzi è stato criticato da alcuni siti [[gay]] per la frase: «La scelta sessuale poco conta».<ref>{{Cita web|url = http://www.gaywave.it/articolo/w-l-ignoranza-per-paolo-meneguzzi-essere-gay-e-una-scelta/12039/|titolo = W l'ignoranza: per Paolo Meneguzzi essere gay è una scelta!|accesso = 6 dicembre 2017}}</ref>
Nel 20182015 ha dovuto rispondere alle accuse di aver condizionato le selezioni regionali dell'Eurosong per la Svizzera, insieme all'altro giurato [[Simone Tomassini]]; entrambi avrebbero favorito due artisti.<ref>{{Cita web|url = http://www.mattinonline.ch/meneguzzi-selezione-ticinese-delleurosong-truccata-solo-falsita-ecco-come-andata/|titolo = Meneguzzi: "Selezione ticinese dell'Eurosong truccata? Solo falsità. Ecco com'è andata"|editore = Mattinonline|accesso = 18 febbraio 2016}}</ref>
