Nella stagione 2007-2008 il Messina disputa il 32º campionato di Serie B, in seguito alla retrocessione dopo tre anni consecutivi in Serie A. Il torneo cadetto è terminato con il 14º posto per i peloritani che sono allenati da Nello Di Costanzo, a pari punti con il Grosseto. Nella Coppa Italia il Messina subito fuori ad agosto nel primo turno, (2-2) con il Vicenza, ma superati (3-4) nei calci di rigore. Miglior realizzatore stagionale il napoletano Raffaele Biancolino preso dall'Avellino, che ha realizzato di 10 reti.
Ma l'estate 2008 ha visto la situazione societaria divenire sempre più insostenibile per i debiti accumulati. La famiglia Franza comunica l'intenzione di lasciare la proprietà del Messina[1] e, coadiuvata dalle istituzioni messinesi, ha cercato nuovi acquirenti in grado di garantire la continuità e l'iscrizione al prossimo campionato cadetto[2]. Ma nessuno si è accollato l'enorme mole di debiti accumulata, e il 14 luglio 2008 è stata ufficialmente ritirata la domanda di iscrizione alla Serie B 2008-2009[3]. La società non è stata radiata, ma è stata iscritta dalla prefettura per ordine pubblico nel girone I della Serie D 2008-2009 con una nuova squadra di dilettanti[4].
Il 27 novembre 2008 il Tribunale di Messina dichiara fallito il Football Club Messina Peloro a causa delle gravi anomalie riscontrate dai magistrati nel bilancio del sodalizio messinese; alla squadra è stata comunque garantita la regolare attività fino al termine della stagione in corso poiché parzialmente acquisita dalla nuova Rinascita Messina[5][6].
^abcdeCeduto durante la sessione estiva del calciomercato, a stagione in corso.
^abCeduto durante la sessione invernale del calciomercato.
^abcdeAcquistato durante la sessione estiva del calciomercato, a stagione in corso.
^Acquistato durante la sessione invernale del calciomercato.
^Giornata interamente rinviata al 1° dicembre 2007, dopo i gravi disordini accaduti in un autogrill tra tifosi laziali e juventini, che hanno provocato una vittima, il tifoso laziale Gabriele Sandri.
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