Basic local alignment search tool

In bioinformatica, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool, ovvero strumento di ricerca di allineamento locale) è un algoritmo usato per comparare le informazioni contenute nelle strutture biologiche primarie, come ad esempio le sequenze proteiche o le sequenze nucleotidiche delle molecole di DNA.

Funzionamento modifica

Una ricerca BLAST permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un database di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse.^[1]^[2]^[3] Ad esempio, in seguito alla scoperta di un gene di topo, prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel genoma umano per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.

È possibile suddividere l'algoritmo BLAST in 3 principali fasi:

Creazione di un elenco di parole di lunghezza W della sequenza query.
Ricerca delle parole W all'interno della banca dati.
Elongazione delle sequenze di hit, cioè quelle trovate, ed assegnamento di uno score. Tali sequenze saranno date da un allineamento di tipo locale.

Le sequenze che si andranno a considerare saranno solo quelle il cui score supera una certa soglia di threshold T, che verranno chiamate HSP (High-scoring Segment Pair).^[2]

Note modifica

^ (EN) BLAST: Basic Local Alignment Search Tool, su blast.ncbi.nlm.nih.gov. URL consultato il 23 febbraio 2022.
^ ^a ^b (EN) David W. Mount, Bioinformatics Sequence and Genome Analysis, 2004, ISBN 978-0-87969-712-9.
^ (EN) Won Cheol Yim e John C. Cushman, Divide and Conquer (DC) BLAST: fast and easy BLAST execution within HPC environments, in PeerJ, vol. 5, 22 giugno 2017, pp. e3486, DOI:10.7717/peerj.3486. URL consultato il 23 febbraio 2022.

Collegamenti esterni modifica

Il sito internet di NCBI-BLAST, su ncbi.nlm.nih.gov.
mpiBLAST - mpiBLAST è un'implementazione parallela e open-source di NCBI BLAST

Controllo di autorità	LCCN (EN) no2004036006 · J9U (EN, HE) 987009631483005171

[1] (EN) BLAST: Basic Local Alignment Search Tool, su blast.ncbi.nlm.nih.gov. URL consultato il 23 febbraio 2022.

[:0-2] (EN) David W. Mount, Bioinformatics Sequence and Genome Analysis, 2004, ISBN 978-0-87969-712-9.

[3] (EN) Won Cheol Yim e John C. Cushman, Divide and Conquer (DC) BLAST: fast and easy BLAST execution within HPC environments, in PeerJ, vol. 5, 22 giugno 2017, pp. e3486, DOI:10.7717/peerj.3486. URL consultato il 23 febbraio 2022.

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