Nutritious Rice for the World
Nutritious Rice for the World è un progetto di ricerca di World Community Grid nel campo dell'agronomia, guidato dal gruppo di ricerca di biologia computazionale "Samudrala" dell'Università di Washington.
Storia e finalità
modificaIl progetto, lanciato il 12 maggio 2008 con l'obiettivo di predire la struttura tridimensionale delle proteine delle principali varietà di riso in modo da aiutare i coltivatori delle regioni dove la malnutrizione è preoccupante ad incrociare le migliori varietà di riso per ottenere rese di raccolto più alte con una maggior resistenza ai parassiti e alle malattie, è terminato ad aprile 2010.
La determinazione della struttura tridimensionale delle proteine è un processo estremamente difficile e costoso. È possibile predire, con l'ausilio dei computer, la struttura di una proteina dalla relativa sequenza di DNA, ma nel riso esistono migliaia di proteine distinte, e questo porta ad una mole di calcoli che un singolo calcolatore non può risolvere in un lasso temporale ragionevole. Una volta mappate le proteine si sono analizzati i geni coinvolti nel rendimento del raccolto, nella resistenza alle malattie ed ai parassiti e nelle proprietà nutritive.
Funzionamento
modificaI computer dei volontari, dopo aver installato il software BOINC ed il modulo relativo al progetto World Community Grid, hanno fatto girare sulla loro macchina il software Protinfo per generare i modelli tridimensionali delle proteine che sono codificate dal genoma del riso.
Usando le capacità di Protinfo, sono stati esaminati oltre 10.000 geni e prodotti circa 100.000 modelli per gene, permettendo di studiare fra le 30.000 e le 60.000 strutture di proteine. Grazie al calcolo distribuito, il progetto ha richiesto quasi due anni di elaborazione per essere concluso, lavorando a 167 TeraFLOPS.
I modelli e i risultati dell'analisi sono memorizzati nel database di Bioverse.
Voci correlate
modificaCollegamenti esterni
modifica- (EN) Computational Biology Research Group, su compbio.washington.edu. URL consultato il 23 settembre 2010 (archiviato dall'url originale il 14 giugno 2008).