Negli anni ottanta ha avuto una relazione con [[Valeria Marini]], conosciuta in un locale in Sardegna dove lui faceva il deejay, come affermato dall'ex soubrette del ''[[Bagaglino]]''.<ref>{{Cita web|url=https://metropolitanmagazine.it/jovanotti-e-il-flirt-con-valeria-marini-eravamo-molto-giovani-quando-siamo-stati-insieme/|titolo=Jovanotti e il flirt con Valeria Marini: “Eravamo molto giovani quando siamo stati insieme”||sito=MetropolitanMagazine|data=10 aprile 2022|accesso=13 ottobre 2022}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://eccellenzemeridionali.it/2022/07/17/lo-sapevate-che-valeria-marini-e-jovanotti-sono-stati-insieme-ecco-perche-e-finita-tra-i-due/?fbclid=IwAR2GzokcH0mLc5TwPJRwuN3i9cR3anWh5TZW4lM0xfywMZxbiqqshT3S9TI|titolo=Lo sapevate che Valeria Marini e Jovanotti non sono mai stati insieme? Ecco perché è finita tra i due||sito=Eccellenze meridionali|data=18 luglio 2022|accesso=13 ottobre 2022}}</ref> Successivamente, è stato legato a [[Rosita Celentano]], figlia di [[Adriano Celentano]] e [[Claudia Mori]] nonché sua partner nel videoclip de ''[[La mia moto (singolo)|La mia moto]]''.<ref>{{Cita web|url=https://dilei.it/vip/rosita-celentano/530497/|titolo=Rosita Celentano, vita privata e amori della figlia del Molleggiato|sito=DiLei|data=19 febbraio 2018|accesso=4 aprile 2022}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://chi-e.com/rosita-celentano/|titolo=Chi è Rosita Celentano|sito=Chi è...?|data=3 febbraio 2018|accesso=4 aprile 2022}}</ref> Il 6 settembre [[2008]] ha sposato a Cortona, nella [[Chiesa di Santa Maria Nuova (Cortona)|chiesa di Santa Maria Nuova]], la fidanzata Francesca Valiani (conosciuta nel 1994 tramite la sorella Anna, di cui era amica), con la quale viveva da parecchi anni.<ref>https://www.jova.tv/vh1-storytellers-jovanotti</ref> I due hanno una figlia, Teresa Lucia, nata il 13 dicembre 1998 a [[Forlì]], città dove Jovanotti ha vissuto per diversi anni: la figlia, alla quale il cantautore ha dedicato la canzone ''[[Per te (Jovanotti)|Per te]]''<ref>{{Cita web|url=https://www.today.it/gossip/vip/jovanotti-figlia-compleanno.html|titolo=La dedica di Jovanotti per il compleanno della figlia: "La mia ragazza libera"|sito=[[Today (quotidiano online)|Today]]|data=13 dicembre 2021|accesso=13 ottobre 2022}}</ref>, nel 2020 ha combattuto con successo una lunga battaglia con il [[linfoma di Hodgkin]].<ref>{{Cita web|url=https://www.vanityfair.it/people/mondo/2021/01/13/teresa-cherubini-figlia-jovanotti-sconfitto-tumore-nuovo-inizio-linfoma-malattia-foto#:~:text=Non%20mi%20sono%20caduti%20i,gennaio%202021%20sono%20ufficialmente%20guarita.|titolo=Teresa Cherubini, figlia di Jovanotti, ha sconfitto un tumore: «Un nuovo inizio»|autore=Nicola Bambini|sito=[[Vanity Fair (rivista italiana)|Vanity Fair]]|data=13 gennaio 2021|accesso=13 ottobre 2022}}</ref>
