iPhone OS 3.1 è stato pubblicato il 319 giugnosettembre 2009. Esso porta una maggiore velocità nelle funzioni principali del dispositivo e la possibilità di salvare i videoclip tagliati come una copia dell'originale.
==== 3.1.2 ====
iPhone OS 3.1.2 è stato pubblicato ill'8 9 settembreottobre 2009. L'aggiornamento risolveva alcuni bug minori.
==== 3.1.3 ====
iPhone OS 3.1.3 è stato pubblicato l'9il ottobre2 2009febbraio 2010, correggendo alcuni errori. È anche l'ultima versione che supporta l'[[IPhone EDGE|iPhone 2G]] e l'[[IPod touch#Prima generazione|iPod touch di prima generazione]].