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=== Il periodo napoleonico ===
Il liceo fu istituito il 18 dicembre 1804 con decreto dell'allora Repubblica Italiana napoleonica (ex [[Repubblica Cisalpina]]). Il 7 maggio 1805 il Liceoliceo fu inaugurato presso le antiche scuole cittadine di San Sebastiano, già rette dai [[Gesuiti]]. L'istituzione di un Liceoliceo a Verona fu deliberata in deroga alla legge napoleonica del 4 settembre 1802 (la prima che introdusse i Liceilicei in Italia). All'epoca, infatti, la città di Verona (divisa fra la parte austriaca e la parte francese rispettivamente alla sinistra e alla destra del fiume Adige) non era capoluogo di Dipartimento e, pertanto, non avrebbe avuto diritto a un Liceoliceo. Con l'annessione dell'intero Veneto al [[Regno italico|Regno Italico]] (dicembre 1805), Verona fu posta a capo del Dipartimento dell'Adige e il Liceoliceo divenne "Dipartimentale"<ref>{{Cita libro|autore=Tullio Ronconi|titolo=Le origini del R. Liceo Ginnasio S. Maffei di Verona|annooriginale=1909|città=Torino|pp=68-69|opera=Studi Maffeiani}}
L'istituzione del liceo veronese (dicembre 1804) fu preceduta da quella di altri licei, istituiti entro il 1803, come il liceo di Brescia (ora liceo Arnaldo), il liceo di Bergamo (ora liceo Sarpi), il liceo di Cremona (ora liceo Manin), il liceo di Como (ora liceo Volta) e il liceo di Faenza (ora liceo Torricelli). I due licei storici di Milano (il Beccaria e il Parini) godevano, nel primo decennio dell'Ottocento, dello statuto di "Scuole speciali" equiparate ai licei.</ref>.
Il successivo decreto vicereale del 14 marzo 1807, firmato da Eugenio Beauharnais, istituiva a Verona il Liceo Convitto che assorbì il precedente liceo (lo stesso decreto istituiva anche il Liceo Convitto di Venezia, ora [[Liceo Marco Foscarini|liceo Foscarini]]). Il Liceo Convitto aprì i battenti nel febbraio 1808 nell'ex convento domenicano di Sant'Anastasia, nel sito dell'attuale Liceoliceo<ref>{{Cita libro|autore=Tullio Ronconi|titolo=Le origini del R. Liceo Ginnasio S. Maffei di Verona|annooriginale=1909|città=Torino|pp=77-78|opera=Studi Maffeiani}}</ref><ref>{{Cita libro|autore=Emanuele Luciani|titolo=Profilo degli ultimi cent'anni|anno=1993|città=Verona|p=29|opera=Annuario Liceo Ginnasio Scipione Maffei Verona}}</ref> (l'edificio fu ristrutturato e ampliato, fra il 1808 e il 1814, sotto la direzione dell'architetto [[Bartolomeo Giuliari]]<ref>{{Cita libro|autore=Monica Meneghelli|curatore=Pierpaolo Brugnoli, Arturo Sandrini|titolo=Bartolomeo Giuliari (1761-1842)|anno=1988|città=Verona|pp=380-381|volume=II|opera=L'architettura a Verona nell'età della Serenissima}}</ref>, e nuovamente ristrutturato e ammodernato, negli anni 1960-1963, su progetto dell'architetto [[Ettore Fagiuoli]]<ref>{{Cita libro|autore=Giuseppe Conforti|curatore=Pierpaolo Brugnoli, Arturo Sandrini|titolo=Fagiuoli Ettore (1884-1961)|annooriginale=1994|città=Verona|pp=434-435|opera=L'architettura a Verona dal periodo napoleonico all'età contemporanea}}</ref>).
All'epoca della fondazione il ciclo di studi liceali era suddiviso in quattro anni di ginnasio e due anni di liceo. Nei primi quattro anni gli studenti apprendevano il [[Lingua latina|latino]], l'[[lingua italiana|italiano]], il [[lingua francese|francese]], la [[retorica]], la [[storia]] e la [[geografia]] oltre all'[[aritmetica]], la [[calligrafia]] e il [[disegno]]; nel ciclo del liceo invece venivano insegnate la [[filosofia]], la [[matematica]] (e in generale le materie scientifiche), le belle arti, il disegno o lo studio delle istituzioni civili.
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