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La peste bubbonica è una infezione batterica che si sviluppa e si concentra prevalentemente nel [[Sistema linfoide|sistema linfatico]]. La trasmissione nell'uomo può avvenire attraverso la puntura delle pulci dei [[Rattus|ratti]] (''[[Xenopsylla cheopis]]''), o tramite il morso dei ratti stessi o di altri [[Rodentia|roditori]] infetti. La pulce dell'uomo ed i pidocchi, in forma minore, permettono di trasmettere la peste bubbonica anche da uomo a uomo.
 
Insorge violentemente dopo un periodo di incubazione da 2 a 12 giorni. Si presenta con febbre alta, cefalea, grave debolezza, disturbi del sonno, nausea, fotosensibilità, dolore alle estremità, vomito e delirio. Si può formare una pustola o necrosi che interessa la superficie cutanea nell'area della puntura dalla pulce infetta. È possibile talvolta la formazione di [[petecchia (medicina)|petecchie]], diffuse su una porzione vasta di superficie corporea, generalmente in modo asimmetrico o irregolare. L'aspetto clinico più caratteristico della malattia è l'ingrossamento di uno o più [[linfonodi]], i più prossimi al luogo delle punture della pulce (che è più frequentemente la zona inguinale e quella ascellare). Il linfonodo si infiamma formando un [[bubbone]], cioè un rigonfiamento [[edema]]toso il cui interno evolve formando un accumulo [[Emorragia|emorragico]] e [[Necrosi|necrotico]]. Ciò è la conseguenza del fatto che il batterio ''y. pestis'' continua a sopravvivere anche dopo essere stato fagocitato dai [[Leucocita|leucociti]] e si accumula all'interno del linfonodo, riproducendosi e producendoproducendogproducendo tossine [[Betabloccanti|beta-bloccanti]] e in grado di bloccare alcune risposte immunitarie.<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Brown S.D., Montie T.C.|data=22 Marzo 1977|titolo=Beta-Adreginic Blocking activity of Yersinia Pestis Murine Toxin|rivista=Infection and Immunity|volume=18|numero=1|pp=85-93|url=http://iai.asm.org/content/18/1/85.long}}</ref>
 
Nei casi gravi, l'infezione si propaga nell'organismo, dando luogo alla ''peste setticemica'' descritta sotto, provocando insufficienza cardiocircolatoria, necrosi che solitamente partono dalle dita di mani o piedi per poi espandersi lentamente, complicazioni renali o emorragie interne. In assenza di cure, la malattia può evolvere verso questa fase e portare facilmente alla morte. Alternativamente, nei casi meno gravi, la febbre cessa dopo circa due settimane e i bubboni espellono [[pus]] sgonfiandosi e formando una cicatrice.