La cavernagrotta rappresenta l'utero materno, il luogo della rinascita ed il passaggio nell'Aldilà. La roccia è strettamente in relazione con la missione di Cristo sulla terra, sorgente e bevanda purificatrice dell'anima. La Vergine è ritratta nella sua funzione protettrice di madre e nutrice. L'angelo indica [[Giovanni Battista]] in preghiera, messaggero della Redenzione, che si compirà attraverso il Battesimo e il sacrificio di Cristo. Il dito rivolto verso l'alto indica la dimensione superiore ed ultraterrena, alla quale Gesù è predestinato.<ref>Vergine Maria in ''Simboli e allegorie'', Dizionari dell'arte, ed. Electa, 2003, pag. 118.</ref> Inoltre Leonardo, come risulta da vari passi dei suoi scritti, era affascinato dall'immagine della "caverna": dal punto di vista scientifico o geologico, ma soprattutto come ''interiora'' della terra, natura sotterranea o subnatura, "ricettacolo della vita geologica, dei movimenti enormi nello spazio e nel tempo che costituiscono il suo segreto" ([[André Chastel]]).<ref>[[Giulio Carlo Argan]], ''Storia dell'arte italiana'', vol. 2, pag. 376, ed. Sansoni, Firenze, 1978.</ref>
