I Māori iwi Ngāpuhi occuparono Whangarei all'inizio del [[XIX secolo]] e il clan (''hapū'') Te Parawhau era stanziato all'imboccatura del porto. Il capitano [[James Cook]] e l'equipaggio ''dell'Endeavour'' furono i primi europei a vedere l'entrata del porto di Whangarei. Qui, il 15 novembre 1769, i marinai dell'''Endeavour'' catturarono un centinaio di pesci che classificarono come "orate" (più probabilmente dei ''Pagrus auratus'') che indussero Cook a chiamare l'area ''baia delle Orate''.
Negli anni 1820 l'area fu ripetutamente attaccata da incursori Waikato e Ngāti Paoa durante le [[guerre del moschetto]].<ref name=":0">{{Cita libro|autore=Nancy Preece Pickmere|titolo=Whangarei: The Founding Years.|annooriginale=1986|pp=871-886}}</ref> Il primo colono europeo a stanziarsi nella zona fu William Carruth, un commerciante scozzese che vi arrivò nel 1839 e che fu raggiunto sei anni dopo da Gilbert Mair e dalla sua famiglia. Le relazioni tra i coloni e i Māori locali erano generalmente amichevoli, ma nel febbraio del 1842 tutte le fattorie dei coloni furono saccheggiate come ritorsione per le ripetute trasgressioni del ''[[tapu]]''. Nell'aprile del 1845, durante la [[guerra del pennone]], tutti i coloni fuggirono da Whangarei.<ref>{{Cita namelibro|autore="Nancy Preece Pickmere|titolo=Whangarei:0" The Founding Years.|annooriginale=1986|pp=20-46}}</ref> La maggior parte dei coloni originari non torno mai più, ma già alla metà degli anni 1850 l'area ospitava nuovamente un certo numero di contadini e coltivazioni a frutteto. Dal 1855 si sviluppò una piccola città, guidata dal commercio della gomma di kauri . Il bacino cittadino odierno situato sul fiume Hatea era il porto originario; di qui transitavano per essere esportate gomma di [[kauri]] e legname nativo, e successivamente anche carbone proveniente dalla valle del Whau, da Kamo e da Hikurangi. Il carbone estratto dal campo di Kiripaka veniva trasportato lungo il fiume Ngunguru. A partire dal 1864, quindi, il nucleo della città attuale era ormai ben consolidato.<ref name=":0">{{Cita libro|autore=Nancy Preece Pickmere|titolo=Whangarei: The Founding Years|annooriginale=1986|pp=87-88}}</ref>
