Meno controverso fu l'atteggiamento di Jefferson, grande fautore di uno Stato laico, nei confronti della religione e del rapporto tra chiesa e stato. Jefferson, autore dell'opera ''Virginia Statute for Religious Freedom'' pubblicata nel [[1779]], sostenne in una lettera pubblica che nessun uomo deve rendere conto ad altri per la sua fede e per le sue convinzioni religiose.<ref>{{cita web|url=https://www.loc.gov/loc/lcib/9806/danpre.html|titolo=Lettera di Jefferson alla comunità battista di Danbury|data=1º gennaio 1802|accesso=30 marzo 2012|lingua=en|sito=Library of Congress}}</ref>
In gioventù era [[anglicano]]; successivamente, e fino alla sua morte, Jefferson fu inoltre ufficialmente membro della [[Chiesa episcopale degli Stati Uniti d'America|chiesa episcopale]], anche se in una famosa dichiarazione definì il cristianesimo come un ''sistema perverso''.<ref>{{cita|Peterson, 1985|p. 302|Pete85}}.</ref><ref>{{cita|Dawkins||cidDawk}}.</ref> Egli apprezzava la figura di [[Gesù]] e amava la [[Bibbia]], in particolare i [[Vangeli]], ma provava avversione per il clero e i [[dogma|dogmi]] che l'[[illuminismo]] definiva superstizione. Particolarmente critico si dimostrò nei confronti del Calvinismo, scrivendo che "se mai un uomo adorò un falso dio, egli (Calvino) lo fece"<ref>Così nella lettera dell'11 aprile 1823 a John Adams ({{collegamento interrotto|1=http://etext.virginia.edu/etcbin/toccer-new2?id=JefLett.sgm&images=images/modeng&data=/texts/english/modeng/parsed&tag=public&part=269&division=div1 |date=aprile 2018 |bot=InternetArchiveBot }})</ref>. Cercò anche di pubblicare una traduzione del [[Nuovo Testamento]] che risultava drasticamente più corta del testo originale. In questa versione, pubblicata dopo la sua morte sotto il titolo di ''[[Jefferson Bible]]'', Jefferson riduce drasticamente gli eventi soprannaturali della Bibbia, considerati falsi sulla scia del [[deismo]], la religione "naturale" e [[razionalismo|razionalista]] di [[Isaac Newton|Newton]] e [[Voltaire]], che egli aveva letto e apprezzato. In [[Francia]] aveva conosciuto intellettuali illuministi ed ebbe anche una corrispondenza con [[Denis Diderot]]. Benché qualcuno lo avvicini alla spiritualità e alla visione della [[massoneria]] (Jefferson avrebbe partecipato a riunioni della loggia delle Nove Sorelle di Parigi, la stessa di cui fece parte Voltaire),<ref>{{Cita web |url=http://www.loggiatacito740.it/pdf/Thomas%20Jefferson.pdf |titolo=Thomas Jefferson su Loggia Tacito 740 |accesso=1º maggio 2011 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120105163038/http://www.loggiatacito740.it/pdf/Thomas%20Jefferson.pdf |dataarchivio=5 gennaio 2012 |urlmorto=sì }}</ref> non esistono documenti di [[affiliazione]] che leghino il suo nome all'associazione.
