Durante i sedici anni della sua vita professionale, Boëllmann suonò sia come organista che come pianista in tutta Europa e compose circa 160 pezzi di vari generi. Fedele allo stile di Franck ed ammiratore di Saint-Saëns, Boëllmann tuttavia mostra tuttavia un'estetica post-romantica di fine secolo, che specie nei suoi lavori per organo dimostra "notevoli sonorità", come ebbe a dire la critica. Il suo lavoro più famoso è la "''[[Suite Gothique]]''" ([[1895]]), divenuta oggi un pilastro nel repertorio organistico, in particolare per la Toccata conclusiva, un brano "di moderata difficoltà ma di effetto brillante," con un drammatico tema in do minore ed un'enfasi ritmica che la rese popolare già al tempo di Boëllmann. Scrisse anche mottetti e canzoni, lavori per piano, una sinfonia, brani per violoncello ed orchestra e per organo e orchestra, una suonata per violoncello (dedicata a Jules Delsart), ed altra musica da camera.
