La cattura della flotta genovese rappresentò un grande successo per l'imperatore Federico II, ma anche una sfida inaudita all'autorità papale. Quasi tutti gli alti dignitari del Concilio caddero suoi prigionieri. Tra questi, i tre legati papali; gli Arcivescovi di Rouen, Bordeaux e Auch; i Vescovi di Carcassonne, Agde, Nîmes, Tortona, Asti e Pavia; e gli abati di Citeaux, Chiaravalle, Cluny, Fécamp, Mercy-Dieu e Foix.<ref name="RIF" /><ref name="HHM" /> Sulle navi che furono in grado di sfuggire alla cattura vi erano principalmente i prelati spagnoli e di Arles. <br>L'imperatore Federico II proclamò la sua vittoria come il giudizio di Dio e un simbolo contro l'illegalità della sua persecuzione da parte di Papa Gregorio IX. Il Comune di Pisa fu scomunicato dal pontefice che vigli gettòlanciò l'interdetto fino 1257.<ref name="PEX">{{Cita libro|titolo=The Image of St Francis|nome=Rosalind|cognome=Brooke|anno=2006|città=Cambridge}}</ref>
Solo con la morte sorprendentemente veloce di papa Gregorio IX nell'agosto 1241 la situazione sembrò distendersi. Come segno di buona volontà Federico II rilasciò i legati al fine di fare spazio per l'elezione di un nuovo Papa.
