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L'utilizzo della biomassa come fonte energetica per riscaldamento genera inquinamento. I principali composti inquinanti sono il PM2.5, il PM10, il [[monossido di carbonio]], le [[diossina|diossine]] e i [[Furano|furani]]. La grande crescita delle biomasse ha reso significativo il loro contributo all'inquinamento globale. Per esempio in una nazione industrializzata come l'Italia negli ultimi quindici anni tramite severe norme ambientali l'inquinamento automobilistico di PM 2.5 è passato da 50 migliaia di tonnellate (1990) a poco più di 20 migliaia di tonnellata (2012). Contestualmente l'inquinamento domestico (dovuto ai sistemi di riscaldamento) è passato da 30 migliaia di tonnellate (1990) a più di 60 migliaia di tonnellata (2012), vanificando quindi i progressi ottenuti sul fronte dei trasporti. L'inquinamento domestico è dovuto quasi integralmente al consumo di biomasse dato che la combustione di gas è una combustione estremamente efficiente che praticamente non genera PM 2.5.
