Le due armi a disposizione di Daxter sono l'ammazzamosche elettrico, e uno spruzzatore di insetticida che, con l'avanzare dei livelli, si trasforma in lanciafiamme e in un artificierelanciatore a onde sonicosoniche. Daxter può eseguire il doppio salto, e con l'aiuto dello spruzzatore come propulsore può volare molto in alto.All'inizioe trascorreràpercorrere unlunghi po' di tempo prima di imparare alla perfezione il passaggio dello spruzzatore da arma a propulsore, ma dopo un paio di missioni sarete subito esperti nell'utilizzo di quest'armatratti.
Il gameplay è basato principalmente sul combattere, sul sapersi orientare grazie all'utilizzo dei tasti R e L che regolano la visuale, utilissimi soprattutto nei livelli dove dovrete saltare da due sporgenze in movimento, come accade nel caso dei due treni che corrono alla massima velocità in senso opposto.
