L'ascesa dell'impero persiano era però inarrestabile: da semplice vassallo del re [[Astiage]] di Media, il re persiano [[Ciro il Grande]], nel [[550 a.C.]] aveva sconfitto i re dei [[Medi]] ed assorbito il regno di quest'ultimo nel suo. Nel [[547 a.C.]] conquistò il regno di [[Lidia]] dopo aver battuto il re [[Creso]], nel [[538 a.C.]], senza combattere, una congiura aprì a Ciro le porte del regno di [[Babilonia]] e nei successivi anni riuscì a sottomettere anche tutte le colonie greche dell'[[Anatolia]] e della [[Tracia]], rendendo vassalli sia il regno di [[Regno di Macedonia|Macedonia]] che il confinante regno d'[[Epiro]]. Dopo la morte di Ciro, il suo successore, [[Cambise II di Persia|Cambise]], decise di attaccare l'Egitto, e Policrate fu costretto a prendere un partito: fiutando la maggiore potenza persiana, inviò a Cambise un contingente di navi che appoggiasse la conquista persiana dell'Egitto, fatto che avvenne nel [[525 a.C.]] con la sconfitta del faraone [[Psamnetico III]] a [[Pelusio]].
Policrate, sicuro di ricavare qualche vantaggio nell'aver prestato il suo aiuto, resterà ben presto deluso dall'ingratitudine persiana. Questo fatto lo porterà a comportarsi male anche nei loro confronti, flagellando con la sua flotta l'intera costa dominata dai persiani.
Questi, attraverso il [[satrapo]] [[Orete]], attirarono Policrate con l'inganno e dopo averlo catturato, dapprima lo torturarono e infine lo giustiziarono tramite crocefissione. Samo, perduto il suo carismatico leader, venne facilmente conquista dai persiani nel [[522 a.C.]].
