Durante la guerra Messerschmitt divenne il principale progettista, ili suosuoi [[Messerschmitt Bf 109|Bf 109]] e [[Messerschmitt Bf 110|Bf 110]] costituirono la gran parte della caccia della prima parte della guerra. Diversi altri progetti vennero industrializzati, incluso l'enorme aliante da trasporto [[Messerschmitt Me 321|Me 321]] ''Gigant'' e quella a sei motori: il [[Messerschmitt Me 323|Me 323]]. Comunque nella seconda metà della guerra, Messerschmitt si convertì pressoché interamente ai progetti di aerei [[motore a getto|a reazione]], realizzando il primo caccia a reazione al mondo: il [[Messerschmitt Me 262|Me 262]] ''Schwalbe'' ("Rondone").
Messerschmitt produsse anche il DFS denominato [[Messerschmitt Me 163 Komet|Me 163]] ''Komet'', ossia il primo, ed unico, aereo dotato di [[motore a razzo]] ad entrare in servizio.
