Della sua opera abbiamo vari brani. Dell'epistolario si sono conservate solo ventiquattro lettere, il cui valore non è eccessivo.
Compone un testo, il Teofrasto, altrimenti detto ''Dell'immoralitàimmortalità dell'anima e della Resurrezione dei corpi'', nel quale polemizza, andando contro il suo maestro alessandrino, Ierocle, col neoplatonismo dove questo dà per certa la preesistenza delle anime al corpo, che da questa loro esistenza in altro loco vengono solo in seguito a migrare nei corpi. Altrettanto intende confutare un altro caposaldo della teoria neoplatonica, quello dell'eternità del mondo. Contro queste posizioni ribadisce con maggiore forza la teoria cristiana dell'immortalità dell'anima e della resurrezione dei corpi. Sotto questi punti di vista si propone come cristiano e in quanto tale antagonista del neoplatonismo. Tuttavia in lui resta neoplatonica la base intellettuale di fondo, la stessa struttura del suo ragionamento strutturandosi sui modelli di Plotino, Porfirio, Giamblico. Il che corrisponde ad una peculiarità di tutti questi autori della scuola di Gaza. Un autore invece propriamente cristiano cui Enea fa riferimento è Gregorio di Nissa.
Relativamente all'impostazione neoplatonica, Enea riprende la struttura del dialogo di Platone. Ma in questa, pur avendo appreso la forma dal grande filosofo, non riesce a competere in quanto a forza dialettica. Se la discussione era basata sui tre personaggi, nel suo caso di questi soltanto uno espone le idee, idee che in Enea non sono in genere originali e neppure eccessivamente approfondite.
