Dal momento che lo ScogloScoglio Faraglione ospita una specie a rischio di estinzione (la lucertola delle Eolie), alcune specie protette (la berta maggiore e il garofano delle rupi), nonché varie [[sottospecie]] [[endemismo|endemiche]] e subendemiche, esso necessiterebbe di una speciale forma di tutela per preservarne l'ambiente. Tuttavia, nonostante nelle Eolie vaste aree delle isole maggiori siano [[Riserva naturale orientata]] e numerosi scogli siano [[Riserva naturale integrale]], nessuna forma di tutela è stata finora adottata per lo Scoglio Faraglione, benché esso sia indubbiamente uno dei luoghi nelle Eolie che più ne avrebbe bisogno.<ref>Lo Cascio, pag. 193.</ref>
