Le acque superficiali del mar Egeo si muovono in senso antiorario, con le acque a salinità superiore del MediterranoMediterraneo che si muovono verso nord lungo la costa occidentale della Turchia prima di venire disperse dal flusso di acqua meno denso proveniente dal mar Nero. La densa acqua del Mediterraneo scende in profondità sotto il flusso del mar Nero a circa 23–30 m e quindi scorre attraverso lo [[Dardanelli|stretto dei Dardanelli]] dentro il [[mar di Marmara]] ad una velocità di 5–15 cm/s. Il flusso in uscita dal mar Nero scorre verso ovest lungo le coste settentrionali della Grecia<ref>Aksu, A. E., D. Yasar, et al. (1995). "LATE GLACIAL-HOLOCENE PALEOCLIMATIC AND PALEOCEANOGRAPHIC EVOLUTION OF THE AEGEAN SEA - MICROPALEONTOLOGICAL AND STABLE ISOTOPIC EVIDENCE." Marine Micropaleontology 25(1): 1-28.</ref>.
L'oceanografia fisica del mar Egeo viene controllata soprattutto dal clima regionale, dall'introduzione di acque fresche dai grandi fiumi che scorrono nell'Europa sudorientale e dalle variazioni stagionali nella corrente superficiale proveniente dal mar Nero.
