Il termine scientifico ''Chiroptera'' deriva dalldalle suodue lungoparole penegreche cheχείρ appena trova qulche pipistrella diventa lungo dai 3 ai 4 metri e inizia a espellere sostanza bianca in grande quantità''chéir'', "mano" e πτερόν ''pterón'', "ala", con chiara allusione alla peculiarità dell'arto superiore. I due sottordini hanno rispettivamente i prefissi ''micro''- e ''macro''- ad evidenziare la differenza di dimensione tra i due gruppi, sebbene i più grandi microchirotteri siano molto più grandi dei più piccoli megachirotteri. Il nome comune ''pipistrello'' deriverebbe dal latino ''vespertīliō'' ''-ōnis'', a sua volta derivato da ''vesper'' ''-is'', ovvero sera, attraverso varie alterazioni avvenute nel tempo come ''vipistrello'' o ''vispistrello''<ref>Dante Alighieri, ''Inferno'', XXXIV, 49.</ref>. Se nella lingua inglese e in quella spagnola esiste un singolo termine, ''bat'' e ''murciélago'', in altre lingue come quella francese e tedesca, sono presenti delle combinazioni di parole per identificare questi animali. Nella prima sono conosciuti come ''chauves-souris'', letteralmente "topi glabri", mentre nella seconda il termine è ''Fledermäuse'' o ''Fledertiere'', ossia "topi volanti" o "bestie volanti".
