Il Museo negli anni si è ampliato, con nuove sezioni e nuovi spazi, raggiungendo oggi oltre 16.000 metri quadri espositivi. Nella parte dell’antico quadrilatero conventuale sono ospitate le collezioni antiche; mentre nella parte nuova, ristrutturata negli anni '90, sono ordinate le collezioni moderne e contemporanee.

La visita inizia al pianoterra del quadrilatero conventuale, dove sono ospitate le grandi civiltà (orientale, precolombiana, romana, greca ed etrusca, del Vicino Oriente ed Egitto antico, islamica). Dal bookshop si accede poi al primo piano con il percorso dedicato alla ceramica di Faenza, al Rinascimento italiano, alla ceramica italiana dal XVII al XIX secolo, con una particolare unità riservata alla storica Manifattura Ferniani (1693-1893 ca.) di Faenza.

Si entra poi nella nuova moderna architettura con l'esposizione della sezione del primo ‘900 italiano e si prosegue nella collezione italiana dal secondo dopoguerra a oggi. Dopo la rampa, di fianco al salone dedicato alle esposizioni temporanee, si visita la Sala Europa, con le opere donate da Picasso per la ricostruzione delle Collezioni moderne del Museo dopo le distruzioni belliche, ideale anteprima alla sezione dedicata alla scultura internazionale del XX e XXI secolo, un percorso che viene arricchito ad ogni edizione del prestigioso Premio Faenza.

Il piano interrato è dedicato alle Ceramiche Popolari, al design e ai rivestimenti. Risalendo al pianoterra, ripercorrendo la sala delle manifatture europee, nel soppalco collocato sopra la Sala delle Classiche (arte greca, romana ed etrusca) è possibile visitare la sezione che racconta la storia del MIC, la fondazione del Museo e la sua ricostruzione dopo il bombardamento del 1944.