Bgee
Bgee è un database che raccoglie dati di espressione genica, gestito e aggiornato dall'Istituto Svizzero di Bioinformatica e dall'Università di Losanna. Tutti i dati sono stati generati da studi scientifici indipendenti e sono stati sottoposti a controllo manuale, sia a partire da approcci più classici come EST, microarray, ibridazione in situ, sia a partire da tecnologie più innovative, come il sequenziamento dell'RNA (RNA-seq) e il sequenziamento dell'RNA a livello di singola cellula (scRNA-seq).
| Database di espressione genica Bgee sito web | |
|---|---|
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| URL | bgee.org, https://www.bgee.org. |
| Tipo di sito | Scienza |
| Lingua | Inglese |
| Commerciale | CC0 1.0 Universal |
| Lancio | June 2007 |
| Stato attuale | 15.2 |
L'espressione genica è misurata da diverse specie di animali, solo a partire da individui sani, che non sono affetti da nessun tipo di patologia (di cosiddetto fenotipo wild-type) e che non sono stati sottoposti a nessun tipo di trattamento o manipolazione genetica (nessun knock-out). In aggiunta, sono integrate anche informazioni di origine evolutiva comune dei geni e degli organi[1][2].
Attraverso Bgee è possibile consultare, scaricare e confrontare l'espressione genica di geni provenienti da più specie per sapere dove un qualsiasi gene sia espresso, permettendo vaste applicazioni di ricerca, nel campo dell'oncologia, dell'agricoltura e dell'evoluzione. Il database è in grado di quantificare la presenza o assenza di espressione di un gene o la differenza significativa di espressione per il confronto selezionato, potendo scegliere di impostare la ricerca in base al gene, all'organo, al tessuto, alla tipologia cellulare o allo stadio di sviluppo desiderato.
Bgee fa parte del network delle Global Core Biodata Resources ed è una risorsa interoperabile raccomandata dal consorzio ELIXIR per supportare le attività nella ricerca scientifica, ispirate ai principi FAIR.
Note
modifica- ^ (EN) Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M, Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species, in Lecture Notes in Computer Science, vol. 5109, 2008, pp. 124–131, DOI:10.1007/978-3-540-69828-9_12, ISBN 978-3-540-69827-2.
- ^ (EN) Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, Moretti S, Parmentier G, Rech de Laval V, Rosikiewicz M, Wollbrett J, Echchiki A, Escoriza A, Gharib W, Gonzales-Porta M, Jarosz Y, Laurenczy B, Moret P, Person E, Roelli P, Sanjeev K, Seppey M, Robinson-Rechavi M, The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals, in Nucleic Acids Research, vol. 49, D1, Jan 2021, pp. D831–D847, DOI:10.1093/nar/gkaa793, PMC 7778977, PMID 33037820.
Bibliografia
modifica- (EN) Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M, Bastian F, Creation and unification of development and life stage ontologies for animals, 2022, DOI:10.48550/arXiv.2206.12231.
- (EN) Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F, BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests, in F1000Research, vol. 5, 2018, pp. 2748, DOI:10.12688/f1000research.9973.2, PMC 6113886, PMID 30467516.
- (EN) Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB, Blackburn DC, Blake JA, Bradford Y, Comte A, Dahdul WM, Dececchi TA, Druzinsky RE, Hayamizu TF, Ibrahim N, Lewis SE, Mabee PM, Niknejad A, Robinson-Rechavi M, Sereno PC, Mungall CJ, Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon, in J Biomed Semantics, vol. 5, 2014, pp. 21, DOI:10.1186/2041-1480-5-21, PMC 4089931, PMID 25009735.
Collegamenti esterni
modifica- (EN) Sito ufficiale, su bgee.org.
- (EN) Bgee is a new ELIXIR Recommended Interoperability Resources, su elixir-europe.org, ELIXIR, 14 dicembre 2023.
- (EN) Bgee joins the Global Core Biodata Resources, su globalbiodata.org, GCB Global Biodata Coalition, 11 dicembre 2023.
- (EN) About Bgee, su sib.swiss, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, 4 gennaio 2021.
