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Sequenza di DNA.
A: sequenza palindromica; B: ansa terminale; C: stelo. B e C formano una struttura a forcina.

Indice

DescrizioneModifica

Una sequenza palindromica è una regione della struttura primaria del DNA costituita da due successioni di basi ripetute ed invertite. Ciò significa che, lette in direzione 5'-3' e in direzione 3'-5' mostrano una perfetta complementarità e risultano palindrome. Ad esempio, l'enzima di restrizione del batterio escherichia coli, taglia in presenza del sito di restrizione GAATTC (5'-3') che è definito in direzione 3'-5' resta uguale CTTAAG.[1] La seconda sequenza, se letta a partire da destra, è identica alla prima.
Sono sequenze auto-complementari lungo una catena e pertanto sono in grado dare appaiamenti intracatena formando strutture a forcina

Struttura a forcinaModifica

Le sequenze di DNA (o di RNA) palindromiche possono formare strutture alternative con appaiamento intracatena tra le basi. Quando è coinvolta una sola catena la struttura è definita a forcina. Quando sono coinvolte entrambe le catene la struttura è detta a croce.[2]

EsempiModifica

Enzimi di restrizioneModifica

Le sequenze palindromiche giocano un ruolo importante in biologia molecolare perché una sequenza di DNA ha una struttura a doppia catena polinucleotidica, le coppie di basi sono lette per determinare un palindromo. Molte deossiribonucleasi II (sito-specifiche) riconoscono sequenze palindromiche specifiche e le tagliano.

Ad esempio, l'enzima di restrizione EcoRI riconosce la seguente sequenza palindromica:

 5'- G  A  A  T  T  C -3' 
 3'- C  T  T  A  A  G -5' 

La sequenza in alto è 5'-GAATTC-3', quella in basso 3'-CTTAAG-5'. Se la catena di DNA viene rovesciata, le sequenze sono esattamente le stesse ( 5'GAATTC-3' e 3'-CTTAAG-5'). Seguono ulteriori enzimi di restrizione e le sequenze palindromiche che riconoscono:

Enzima Fonte Sequenza palindromica Taglio
EcoRI Escherichia coli
5'GAATTC
3'CTTAAG
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'
BamH1 Bacillus amyloliquefaciens
5'GGATCC
3'CCTAGG
5'---G     GATCC---3'
3'---CCTAG     G---5'
Taq1 Thermus aquaticus
5'TCGA
3'AGCT
5'---T   CGA---3'
3'---AGC   T---5'
Alu1* Arthrobacter luteus
5'AGCT
3'TCGA
5'---AG  CT---3'
3'---TC  GA---5'
* = troncatura

NoteModifica

  1. ^ treccani.it, http://www.treccani.it/vocabolario/palindromico/.
  2. ^ Struttura del DNA e dell'RNA, su federica.unina.it.
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