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Elementi controversi sono il fatto che Giovanni Paolo II si sia avvalso del segretariato di mons. John Magee, vescovo di Cloyne (Irlanda), coinvolto in un'inchiesta sulla pedofilia<ref>{{Cita web|url=http://www.ansa.it/web/notizie/rubriche/mondo/2010/03/24/visualizza_new.html_1736601300.html|titolo=Pedofilia: lascia ex segretario Wojtyla - Mondo - ANSA.it|accesso=5 gennaio 2020}}</ref> e l'accusa di aver ricevuto denaro dal cardinale Theodore McCarrick in cambio del silenzio sugli abusi sessuali sui minori.<ref>{{Cita web|url=https://www.ilfattoquotidiano.it/2019/12/27/pedofilia-linchiesta-del-washington-post-soldi-dal-cardinale-a-giovanni-paolo-ii-e-benedetto-xvi-in-cambio-del-silenzio/5640050/|titolo=Pedofilia, l'inchiesta del Washington Post: "Soldi dal cardinale a Giovanni Paolo II e Benedetto XVI in cambio del silenzio"|sito=Il Fatto Quotidiano|data=27 dicembre 2019|lingua=it|accesso=5 gennaio 2020}}</ref>
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== Mafia, finanziamenti a Solidarność, il crack dell'Ambrosiano e lo IOR ==
Il giornalista [[Ferruccio Pinotti]] nel libro ''Poteri forti'' (BUR, [[2005]]) ha indagato sulla morte di [[Roberto Calvi]], dopo avere ripetutamente ascoltato il figlio di Calvi, che per anni ha ricostruito le vicende legate alla carriera e alla misteriosa morte del padre. Pinotti descrive le operazioni finanziarie con le quali Calvi riuscì a rendere il [[Banco Ambrosiano]] padrone di se stesso, così da poterlo gestire in piena autonomia. Operazioni, tuttavia, che rendono Calvi ricattabile e lo costringono a erogare cospicui finanziamenti a società dipendenti dallo [[Istituto per le opere di religione|IOR]] guidato dal vescovo [[Paul Marcinkus]].
Quando si manifestano difficoltà finanziarie, l'Ambrosiano cerca, senza riuscirvi, di recuperare il denaro prestato all'Istituto vaticano, che presumibilmente usa il denaro ricevuto per aiutare in tutto il mondo e in particolare in Polonia gruppi religiosi e politici vicini alla Santa Sede. Calvi allora proverebbe a rivolgersi ad ambienti religiosi vicini all'[[Opus Dei]], che sarebbero stati disponibili a coprire i debiti dello [[IOR]] per ottenere maggior peso in Vaticano. Tentativo senza successo, perché ostacolato da quanti, in Vaticano, temono che il potere dell'Opus Dei possa crescere e per impedirlo sono disposti a lasciare fallire il Banco Ambrosiano.
In una lettera del 5 giugno [[1982]] rilasciata dal figlio diversi anni dopo e pubblicata nel libro di Pinotti, Calvi scrive anche a papa Giovanni Paolo II cercando aiuto: {{citazione|Santità sono stato io ad addossarmi il pesante fardello degli errori nonché delle colpe commesse dagli attuali e precedenti rappresentanti dello IOR, comprese le malefatte di [[Michele Sindona|Sindona]]...; sono stato io che, su preciso incarico dei Suoi autorevoli rappresentanti, ho disposto cospicui finanziamenti in favore di molti Paesi e associazioni politico-religiose dell'Est e dell'Ovest...; sono stato io in tutto il Centro-Sudamerica che ho coordinato la creazione di numerose entità bancarie, soprattutto allo scopo di contrastare la penetrazione e l'espandersi di ideologie filomarxiste; e sono io infine che oggi vengo tradito e abbandonato...}}
I segreti e gli interessi economici legati alla mancata restituzione da parte dello IOR del denaro ricevuto dal Banco Ambrosiano a sua volta provenienti da [[Cosa Nostra]] per via del suo "banchiere" [[Pippo Calò]] e connessi alle operazioni finanziarie che lo IOR realizzava per conto di propri clienti italiani desiderosi di esportare valuta aggirando le norme bancarie sarebbero quindi all'origine della decisione di uccidere Roberto Calvi, che, disperato e temendo di finire in carcere, avrebbe potuto rivelare quanto sapeva ai magistrati. Roberto Calvi fu trovato impiccato in un ponte di Londra, per la sua morte rimane ancora imputato il mafioso Pippo Calò.
Il Vaticano si oppose all'estradizione di Marcinkus e secondo quanto riportato nel libro ''Wojtyla segreto'' il motivo risiedeva nel fatto che Marcinkus aveva in pugno il papa, in quanto da lui dipendevano i finanziamenti a [[Solidarność]].<ref name=autogenerato1>[http://www.chiarelettere.it/libro/principio-attivo/wojtyla-segreto.php Wojtyla segreto - Ferruccio Pinotti, Giacomo Galeazzi - Chiarelettere<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref>
Secondo la moglie di Calvi: {{citazione|Woityla aveva bisogno di distruggere il comunismo... per farlo aveva bisogno di soldi, così Marcinkus teneva in pugno il papa.<ref name=autogenerato1/>}}
[[Licio Gelli]] disse: {{citazione|Nel settembre 1980 Calvi mi confidò di essere preoccupato perché doveva pagare una somma di 80 milioni di dollari al movimento Solidarność e aveva solo una settimana per versare il denaro.<ref name=autogenerato1/>}}
== Processi di beatificazione ==
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