È presente un masterplan a corta-media-lunga durata che consiste nel rifacimento di una parte della pista [[35R]], nella costruzione di una terza pista, e nella costruzione di un terminal centrale tra le due piste che permetterà di raddoppiare il traffico passeggeri. Alla fine del 2012 venne presentato un progetto che prevedeva la costruzione di una terza pista a sud ovest dell'aeroporto, e di un terminal centrale alle due piste attuale. L'area disboscata sarebbe equivalsa a un terzo delle nuove aree boschive, composte da alberi piantati per sostenere il [[Parco naturale lombardo della Valle del Ticino|parco del Ticino]].<ref>{{Cita web|url=http://www.laprovinciadivarese.it/stories/Cronaca/337374_malpensa_900_ettari_di_alberi_per_compensare_il_masterplan/ |titolo=Malpensa, 900 ettari di alberi per compensare il Masterplan|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20121225085759/http://www.laprovinciadivarese.it/stories/Cronaca/337374_malpensa_900_ettari_di_alberi_per_compensare_il_masterplan/ }}</ref> Il progetto è stato ritirato nell'agosto 2014 per essere ritoccato e ripresentato nel 2015. Il costo dell'opera è stato quantificato in oltre 6 miliardi di euro, ripartiti in 1,3 miliardi per l'aeroporto in sé e 5 miliardi di infrastrutture che lo collegano alla rete dei trasporti.<ref>{{Cita news|url=http://www.lastampa.it/2014/04/13/economia/pochi-voli-e-scelte-sbagliate-il-declino-di-malpensa-costato-pi-di-miliardi-oof1kpOyEnggZWfxrFUtXO/pagina.html|titolo=Pochi voli e scelte sbagliate Il declino di Malpensa è costato più di 6 miliardi|pubblicazione=La Stampa|data=13 aprile 2014|accesso=12 agosto 2015|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20151208053538/http://www.lastampa.it/2014/04/13/economia/pochi-voli-e-scelte-sbagliate-il-declino-di-malpensa-costato-pi-di-miliardi-oof1kpOyEnggZWfxrFUtXO/pagina.html|urlmorto=no}}</ref>
Nel mese di novembre 2015 è stato presentato un nuovo masterplan che prevede l'ampliamento della zona cargo e aumento delle uscite e entrate rapide per le due piste. Il tutto permetterà di aumentare i movimenti orari fino a 76 dall'attuale 63.
