La proteomica può essere studiata con varie tecniche ma la tecnica di elezione è l''''[[elettroforesi bidimensionale]].'''. Questa tecnica ci permette di vedere tutto l'apparato proteico contenuto in una cellula e ci permette inoltre di separare le proteine, prima, a seconda del loro [[punto isoelettrico]], poi, a seconda del loro [[Massa molecolare|peso molecolare]]. L'elettroforesi bidimensionale garantisce inoltre un'elevata risoluzione e un'elevata riproducibilità, non che una capacità di separare simultaneamente migliaia di proteine. Per riconoscere le proteine all'interno del gel per elettroforesi, è possibile applicare una colorazione fluorescente. Le colorazioni maggiormente utilizzate sono:
