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Tradizionalmente, i rapaci erano raggruppati in quattro [[Famiglia (tassonomia)|famiglie]] nell'ordine dei [[Falconiformes]], ma molti pensavano che questo gruppo fosse [[parafiletico]] e non condividessero un antenato comune con l'esclusione di tutti gli altri uccelli.
Innanzitutto, molteplici linee di prova negli anni '70 e '80 suggerivano che gli avvoltoi del Nuovo Mondo, i [[Cathartidae|Cathartidae]], fossero più strettamente legati alle cicogne e agli aironi ([[Ciconiiformes|Ciconiiformi]]), sebbene studi più recenti li collochino anche all'esterno di quel gruppo. Di conseguenza, gli avvoltoi del Nuovo Mondo sono ora spesso elevati al rango di ordine, '''Cathartiformes''', indipendente e non strettamente associato né ai rapaci né alle cicogne o agli aironi.<ref>e.g. Ericson ''et al.'', Diversification of Neoaves: integration of molecular sequence data and fossils, Biol Lett. 2007 Jun 22;3(3):257-9.</ref> Nel 2007, la checklist nordamericana dell'[[American Ornithologists' Union]] portò Cathartidae nella posizione di comando in [[Falconiformes]], ma con un asterisco che indichi che è un taxon "probabilmente mal riposto nella lista filogenetica corrente, ma per cui i dati che indicano il posizionamento corretto non sono ancora disponibili".<ref>[[American Ornithologists' Union]] (2009) [http://www.aou.org/checklist/north/pdf/AOUchecklistTin-Falcon.pdf Check-list of North American Birds], Tinamiformes to Falconiformes 7th Edition.</ref>
In Europa, è diventato comune dividere in due i rimanenti rapaci: i [[Falco|falchi]] e i [[Caracarinae|caracara]] rimangono nell'ordine Falconiformes (circa 60 specie in 4 gruppi) e le restanti 220 specie dispari (tra cui gli [[Accipitridae]], ossia [[aquile]], [[Poiana|poiane]], [[avvoltoi del Vecchio Mondo]], ecc.) sono messi nel separato ordine [[Accipitriformes]]. Una famiglia preistorica non ancora classificata e conosciuta solo da fossili sono gli [[Horusornithidae]].
In accordo con la scissione di Falconiformi e Accipitriformi, l'analisi comparativa del [[genoma]] pubblicata nel 2008 ha suggerito che i falchi sono più strettamente legati ai [[pappagalli]] e ai [[Passeriformes|passeriformi]] che agli altri uccelli, inclusi gli [[Accipitridae|Accipitridi]], rendendo così i Falconiformi [[Polifilia|polifiletici]], anche se i [[Cathartidae|Cathartidi]] rimangono esclusi.<ref>Hackett SJ, RT Kimball, S Reddy, RCK Bowie, EL Braun, MJ Braun, J L Chojnowski, W A Cox, K-L Han, J Harshman, C J Huddleston, BD Marks, KJ Miglia, WS Moore, FH Sheldon, DW Steadman, CC Witt & T Yuri. 2008. ''A phylogenomic study of birds reveals their evolutionary history''. Science 320: 1763-1768</ref> Effettivamente, un'analisi del 2011 di inserimenti di [[Trasposone|elementi trasponibili]] condivisi tra i genomi di falchi, passeriformi e pappagalli, ma non presente nei genomi di altri uccelli, ha confermato che i falchi sono un gruppo gemello del gruppo di pappagalli/passeri, ed insieme formando il clade [[Eufalconimorphae]].<ref>{{Cita pubblicazione|coautori=Suh A, Paus M, Kiefmann M |titolo=Mesozoic retroposons reveal parrots as the closest living relatives of passerine birds |rivista=[[Nature Communications]] |volume=2|pp=443–8 |anno=2011 |pmid=21863010 |url=http://www.nature.com/ncomms/journal/v2/n8/full/ncomms1448.html |doi=10.1038/ncomms1448 |pmc=3265382 |numero=8}}</ref>
=== Sottofamiglie ===
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