Il 12 luglio 2014 ritorna alla guida del [[Trabzonspor Kulübü|Trabzonspor]].<ref>{{cita web|url=http://www.tuttomercatoweb.com/europa/ufficiale-trabzonspor-annunciato-halilhodzic-nuovo-allenatore-573599|titolo=Ufficiale: Trabzonspor, annunciato Halilhodžić nuovo allenatore|editore=tuttomercatoweb.com|data=12 luglio 2014}}</ref> L’11 novembre, dopo appena nove partite con 2 vittorie ottenute, viene esonerato con la squadra al nono posto in [[Süper Lig 2014-2015|campionato]].<ref>{{cita web|url=http://www.tuttomercatoweb.com/europa/ufficiale-trabzonspor-halilhodzic-non-e-piu-l-allenatore-612430|titolo=Ufficiale: Trabzonspor, Halilhodžić non è più l'allenatore|editore=tuttomercatoweb.comCalciomercato.com|data=14 novembre 2014}}</ref>
Il 12 marzo [[2015]] diventa commissario tecnico del [[Nazionale di calcio del Giappone|Giappone]].<ref>{{cita web|url=http://www.tuttomercatoweb.com/resto-del-mondo/ufficiale-halilhodzic-nuovo-commissario-tecnico-del-giappone-656534|Ufficiale: Halilhodžić nuovo commissario tecnico del Giappone|editore=tuttomercatoweb.com|data=12 marzo 2015}}</ref> Esordisce nell’amichevole vinta per 2-0 contro la [[Nazionale di calcio della Tunisia|Tunisia]]. Partecipa alla [[Coppa dell'Asia orientale 2015|Coppa d’Asia orientale]], dove arriva quarto nella fase finale a gironi. Supera la seconda fase delle [[Qualificazioni al campionato mondiale di calcio 2018 - AFC - seconda fase - girone E|qualificazioni ai Mondiali del 2018]] arrivando primo nel proprio girone. Il 31 agosto [[2017]] si qualifica al [[Campionato mondiale di calcio 2018|Mondiale in Russia]] con una partita d’anticipo arrivando primo nel proprio girone.<ref>{{cita web|url=http://www.repubblica.it/sport/calcio/2017/08/31/news/mondiali_il_giappone_batte_l_australia_e_si_qualifica_per_russia_2018-174299392/|titolo=Mondiali, il Giappone fa festa: successo sull'Australia e qualificazione. Lippi spera ancora|sito=[[la Repubblica (quotidiano)|la Repubblica]]|data=31 agosto 2017|accesso=2 luglio 2018}}</ref> Il 9 aprile [[2018]] la federazione nipponica lo esonera in seguito ai risultati ottenuti nelle ultime 2 amichevoli (pareggio per 1-1 contro il [[Nazionale di calcio del Mali|Mali]] e poi sconfitta per 2-1 contro l'[[Nazionale di calcio dell'Ucraina|Ucraina]]) anche a causa di contrasti con i "senatori" del gruppo;<ref>{{cita web|lingua=giapponese|url=http://www.jfa.jp/news/00016810/|titolo=SAMURAI BLUE(日本代表) ヴァイッド・ハリルホジッチ監督との契約を解除|autore=[[Kōzō Tashima|田嶋 幸三]]|sito=[[Federazione calcistica del Giappone|JFA.jp]]|data=9 aprile 2018|accesso=3 luglio 2018}}</ref><ref>{{cita web|url=https://www.tuttomercatoweb.com/resto-del-mondo/ufficiale-giappone-akira-nishino-nuovo-ct-sostituisce-halilhodzic-1097866}}</ref> per questo motivo, il 24 maggio Halilhodžić denuncia la [[Federazione calcistica del Giappone|Federazione giapponese]] ed il suo Presidente [[Kōzō Tashima]] per diffamazione, richiedendo le scuse ufficiali di Tashima e, come risarcimento, la cifra simbolica di un solo [[yen]].<ref>{{cita web|lingua=inglese|url=https://www.reuters.com/article/soccer-japan-halilhodzic/soccer-halilhodzic-launches-jfa-law-suit-thinks-japan-soccer-boss-acted-illegally-idUKL5N1SU093|titolo=Soccer-Halilhodžić launches JFA law suit, thinks Japan soccer boss acted illegally|autore=Jack Tarrant|sito=[[Reuters]]|data=24 maggio 2018|accesso=1º luglio 2018}}</ref>
Il 2 ottobre dello stesso anno viene annunciato come nuovo tecnico del {{Calcio Nantes|N}}. Il 2 agosto 2019, a una settimana dall'inizio della nuova stagione, a seguito di divergenze avute con la dirigenza, rassegna le dimissioni.
Il 16 agosto del 2019 diventa il commissario tecnico della [[Nazionale di calcio del Marocco|nazionale marocchina]].<ref>{{cita web|url=https://www.tuttomercatoweb.com/resto-del-mondo/ufficiale-marocco-il-bosniaco-halilhodzic-e-il-nuovo-ct-1280542}}</ref>
