Fu costruita come [[stazione ferroviaria|stazione]] e fu aperta all'esercizio nel [[1889]].<ref name="Quaderni">{{cita pubblicazione| autore=Lucio Cavanna| coautori=Giorgio Gorla| pubblicazione=Quaderni di storia vignatese| volume=10| anno=2007| titolo=In treno da Milano a Venezia (passando per Vignate). 1857 - 2007: i centocinquant'anni della “nostra” ferrovia}}</ref>
Nel corso della sua storia, successero due fatti importanti:
* nel [[1903]] il cardinal Ferrari prese il treno delle 14 del giorno 18 aprile. Si fermò a Vignate e poco dopo consacrò la chiesa di Sant'Ambrogio.<ref name="Quaderni" />
* nel [[1945]] un cittadino vignatese che lavorava alla [[Pirelli (azienda)|Pirelli]] fu arrestato dai tedeschi perché insieme ai suoi colleghi protestò rallentando i lavori della fabbrica, dopo una sosta al carcere di San Vittore venne trasportato su un carro bestiame per andare nei campi di concentramento. Accortosi che il treno stava passando per Vignate, lanciò un biglietto alla sua moglie dicendo che andava a morire nei lager. La famiglia, custodisce questo biglietto come "ricordo" del defunto parente.<ref name="Quaderni" />
Successivamente fu declassata a semplice [[fermata ferroviaria|fermata]]. Dal 1912 al 1920 fu sede del PB n 4; dal 1920 PB n 6.
== Strutture ed impianti ==
È dotata di un sottopassaggio e due [[binario ferroviario|binari]] passanti con due banchine dotate entrambientrambe di pensilina.Difiancoe ci sonodi altri due binari,ma servono solo per gli addetti alle manutenzione e non è possibiledi raggiungerliservizio.
Entrambi i binari vengono utilizzati per le linee passanti S5 ed S6.
== Movimento ==
La fermata è servita dai convogli del [[Servizio ferroviario suburbano di Milano|servizio ferroviario suburbano di Milano: linea S5 (Varese-Treviglio) ed S6 (Novara-Treviglio)]], svolti da [[Trenord]], nell'ambito di contratto stipulato con la [[Regione Lombardia|regione Lombardia]].
