Inizia la sua carriera all'età di sei anni nelle giovanili del [[Étoile Carouge Football Club|Étoile Carouge]], in Svizzera.<ref name="old">{{cita web|url=http://www.oldschoolpanini.com/2011/01/philippe-fargeon.html|titolo=Philippe Fargeon, Retour sur un météorite du football français venu tout droit de Suisse|autore=Alex Bourouf |editore=oldschoolpanini.com|pubblicazione=6 gennaio 2011|lingua=fr|accesso=30 giugno 2012}}</ref> A 18 anni debutta in [[1ª Lega]], con [[Gérard Castella]] allenatore del [[Associazione Calcio Bellinzona|Bellinzona]].<ref>{{cita web|url=http://www.tsr.ch/sport/football/suisse/super-league/1331984-l-invite-gerard-castella.html|titolo=L'invité: Gérard Castella|autore=Miguel Bao|editore=Télévision suisse romande|pubblicazione=1º ottobre 2007|accesso=30 giugno 2012|lingua=fr}}</ref> Nella stagione 1983-1984 il club fu promosso in [[Challenge League|Lega Nazionale B]], e Fargeon fu notato da [[Guy Roux]], dell'[[Association de la Jeunesse Auxerroise|Auxerre]].<ref name="old"/>
Si trasferì dunque all'Auxerre, ove trovò la concorrenza di [[Pascal Vahirua]], [[Roger Boli]] e [[Patrice Garande]]. Dopo una stagione tornò in Svizzera e firmò per l'[[Associazioneil {{Calcio Bellinzona|Bellinzona]]N}}, allenato da [[Peter Pazmandy]]. Segnò 24 gol in 58 partite, la sua squadra è finita seconda in classifica, venendo promossa in [[Lega Nazionale A 1986-1987|Lega Nazionale A]].<ref>{{cita web|url=http://www.rsssf.com/tablesz/zwit86.html|titolo=Switzerland 1985/86|autore=Erik Garin|editore=rsssf.com|pubblicazione=26 gennaio 2007 |accesso=30 giugno 2012|lingua=en}}</ref> Nella stagione successiva mette a segno 10 gol in 14 partite.<ref name="old"/>
Nel dicembre del 1986 [[Didier Couécou]], direttore sportivo del [[Football Club des Girondins de{{Calcio Bordeaux|Bordeaux]]N}}, lo contattò per rinforzare l'attacco della propria squadra. Un giorno dopo il suo acquisto, il 5 dicembre 1986, debuttò in Division 1 nella vittoria casalinga per 3-0 contro il [[LOSC{{Calcio Lille Métropole|Lille]]N}}, aprendo le marcature al 21º minuto.<ref>{{Cita web|url=http://www.classementligue1.fr/2ifoot/app/front/equipe/cgi/equipe_detail.php?p_id_equipe=171&p_libr=1986/1987%20Girondins%20de%20Bordeaux&p_id_edition=87|titolo=Girondins de Bordeaux saison 1986/1987|editore=classementligue1|accesso=30 giugno 2012|lingua=fr|urlmorto=sì}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://www.scapulaire.com/Seasons.php?Page=Game&GameID=3758|titolo=Division 1 - 1986-87 (20ème Journée)|editore=scapulaire.com|accesso=30 giugno 2012|lingua=fr|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20160303172339/http://www.scapulaire.com/Seasons.php?Page=Game&GameID=3758|dataarchivio=3 marzo 2016|urlmorto=sì}}</ref> In [[Coupe de France|coppa]] il Bordeaux affrontò il [[Olympique de Marseille|Marsiglia]] in finale; ancora una volta fu Fargeon a segnare il primo gol (14º minuto). La partita finì 2-0 e il Bordeaux vinse la coppa.<ref>{{Cita web|url=http://www.fff.fr/cfra/histoire/histo_new/pages/hist1987_1.shtml|titolo=Finale le 10/06/1987, Paris (Parc des Princes)|editore=fff.fr|accesso=1º luglio 2012|lingua=fr|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20100602030019/http://www.fff.fr/cfra/histoire/histo_new/pages/hist1987_1.shtml|dataarchivio=2 giugno 2010}}</ref> In Coppa delle Coppe il Bordeaux avanzò fino alla semifinale contro il [[1. Fußballclub Lokomotive Leipzig|Lokomotiv Lipsia]]. Dopo cinque rigori e un errore per parte, [[Zlatko Vujović]] e Fargeon si rifiutarono di tirare il rigore il settimo tiro, e [[Zoran Vujović]] dovette incaricarsi di battere il rigore; il portiere tedesco lo parò, qualificando la sua squadra.<ref>{{Cita web|url=http://it.archive.uefa.com/competitions/ecwc/history/season=1986/round=97/index.html|titolo=Semifinali Coppa delle Coppe 1986-1987|editore=uefa.com|accesso=1º luglio 2012|urlmorto=sì}}</ref>
Nel 1988-1989 tornò in Svizzera, nel Servette. Non riuscì però ad integrarsi in una rosa che ha già come attaccanti [[Karl-Heinz Rummenigge]] e [[John Eriksen]]<ref name="servette">{{cita web|url=http://www.super-servette.ch/Doku/1990_largent_ne_fais_pas_el_bonheur.pdf|titolo=FC Servette l'argent ne fait pas le bonheur|autore=Jacques Ducret|editore=super-servette.ch|accesso=2 luglio 2012}}</ref>: nel novembre del 1988 andò a giocare al [[Sporting Toulon Var|Tolone]], sotto richiesta dell'allenatore [[Rolland Courbis]]; segnò 5 gol in 21 partite. Tornò in seguito al [[Servette Football Club Genève 1890|Servette]] per 1,5 milioni di franchi svizzeri, su richiesta del nuovo tecnico [[Peter Pazmandy]].<ref name="servette"/> Nel 1992 andò al [[Football Club Chiasso|Chiasso]], e due anni dopo terminò la sua carriera.
