L’[[altare]] maggiore in [[marmo]] è opera di [[Francesco Muttoni]]. Intorno all’altare si trovano alcuni notevoli dipinti del [[XVIIXVI secolo|SeicentoXVI]] e [[XVII secolo]]: ''[[Stimmate]] di San Francesco'' di scuola emiliana <ref>P. Filippo Pittaluga, nel libro richiamato in bibliografia, lo attribuisce a [[Giovanni Battista Carlone]] ([[1592]]-[[1677]]), sulla base di un documento conservato nell'archivio del convento</ref>, collocato sulla parete dell’[[abside]], sopra il [[Coro (architettura)|coro]], ''[[Assunzione di Maria|Assunzione della Beata Vergine Maria]]'' di [[Pietro Paolo Raggi]] ([[1649]]-[[1724]]) ed ''Estasi di [[Caterina Fieschi Adorno|Santa Caterina Fieschi Adorno]]'', una delle opere più notevoli di [[Domenico Piola]] ([[1627]]-[[1703]]), che si trovano sulle pareti ai lati dell’altare. Sulle stesse pareti, collocate su mensole, si trovano duequattro statue, raffiguranti ''[[Francesco d'Assisi|San Francesco]]'', ''[[Antonio di Padova|Sant'Antonio]]'', ''[[Elisabetta d'Ungheria|Santa Elisabetta d'Ungheria]]'' e ''[[Luigi IX di Francia|San Luigi IX di Francia]]'', (questi ultimi patroni del [[Ordine Francescano Secolare|Terzo Ordine Francescano]]).
Oltre al già citato [[affresco]] nella [[volta (architettura)|volta]] della chiesa che rappresenta ''San Francesco in gloria'', eseguito nel [[1873]] da [[Francesco Semino]] ([[1832]]-[[1883]]), nella volta del [[presbiterio]] si trova un affresco di [[Virginio Grana]] ([[1830]]-[[1888]]), raffigurante la ''Madonna con San Francesco e [[Antonio di Padova|Sant'Antonio]]''. Un altro affresco, del pittore bergamasco [[Umberto Marigliani]] ([[1885]]-[[1960]]), si trova nella volta dell'[[abside]].
