Le motivazioni alla base della scrittura del virus non sono ancora del tutto chiare. Alcune vociipotesi suggerisconodi allora suggerirono che il Brain fosse in realtà un sistema di protezione anticopia di qualche software scritto dai fratelli Farooq Alvi, altri ancora pensano che fosse stato scritto per "punire" gli [[Stati Uniti d'America|Americani]] per la loro "immorale" abitudine di copiare il software.<ref name="ck2">{{cita web|url=http://www.cknow.com/cms/vtutor/chapter-7-(c)-brain.html|titolo=La storia del Brain|editore=Computer Knowledge|accesso=26/12/2010}}</ref>, come riporta anche una intervista a Amjad Farooq Alvi rilasciata al [[TIME]].<ref name="time">{{cita web|url=http://www.time.com/time/magazine/article/0,9171,968490-1,00.html|titolo=Intervista a Amjad Farooq Alvi|data=26/09/1988|editore=TIME|accesso=26/12/2010}}</ref>
In realtà pare più plausibile, vista anche la relativa innocuità del virus, che il Brain sia stato un esperimento per sondare la diffusione del software piratato in Pakistan e che sia poi sfuggito al controllo dei loro creatori diffondendosispargendosi anche all'estero.<ref>{{cita web|url=http://www.virus-scan-software.com/virus-scan-help/answers/the-history-of-computer-viruses.shtml|titolo=La storia dei virus per computer|editore=Virus Scan Software.com|accesso=26/12/2010}}</ref>
Attualmente i due creatori del virus sono ancora in attività nel campo informatico avendo dato vita ad un [[Internet Service Provider]] dal nome [http://brain.net.pk/ Brain NET].
