Differenze tra le versioni di "Primer"

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La costruzione di primer richiede il controllo di alcuni parametri.
# Uno dei parametri più importanti è la temperatura di [[fusioneDenaturazione (genetica)del DNA|melting]] del primer, la temperatura alla quale il 50% delle molecole si trova in forma di doppia elica stabile ed il restante 50% in forma di singola elica. Tale temperatura è strettamente correlata al contenuto nucleotidico in AT (o in CG). Nella costruzione dei primer è necessario che i primer presentino una temperatura di melting e di annealing molto vicine (solitamente le differenze massime si possono attestare intorno a 1-2 [[°C]]).
# I primers che funzionano maggiormente sono di solito quelli più ricchi di [[citosina|C]] o [[guanina|G]] alle estremità, perché sono quelli che si legano più fortemente al DNA stampo (instaurando tre [[legami idrogeno]] invece di due).
# La lunghezza dei primer è direttamente proporzionale alla temperatura di melting. Primer troppo corti sono spesso poco specifici; d'altra parte primer con temperature di melting troppo alte possono creare problemi alla DNA polimerasi, che è meno attiva a temperature superiori a 80 °C. La lunghezza ottimale di un primer è generalmente compresa tra 20 e 30 nucleotidi, con temperature di melting comprese tra 55 e 65 °C.