Primer: differenze tra le versioni
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=== Primer per la PCR ===
Anche la PCR, una comunissima metodica che permette l'amplificazione di frammenti di DNA, si serve di primer sintetici. Durante la fase di amplificazione vengono infatti utilizzati primer che aderiscono al DNA (fase di ''annealing''), fungendo da innesco per la DNA polimerasi. I due primer utilizzati per la PCR sono definiti ''reverse'' e ''forward'', a seconda che siano complementari al filamento 5'→3' o a quello inverso 3'→5'.
La costruzione di primer richiede il controllo di alcuni parametri.
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# A volte si possono utilizzare ''primer degenerati'', costituiti da miscele di molecole simili ma non identiche (differenti per alcuni nucleotidi all'interno della sequenza). Primer degenerati risultano utili, ad esempio, quando si devono amplificare gli stessi geni provenienti da organismi diversi (che hanno sequenze simili ma non identiche), oppure quando la sequenza del gene è stata ricavata dalla sequenza della proteina corrispondente, tenendo conto della degenerazione del codice genetico. Un altro uso di primer degenerati è quello relativo al campo dell'[[ecologia]] microbica, per permettere l'amplificazione di geni di microrganismi di cui non è ancora nota l'informazione genomica.
Esistono in rete banche dati alle quali i laboratori di biologia molecolare possono riferirsi per scegliere le sequenze di primer più adatte alla loro ricerca. Un metodo comunemente usato è la ricerca BLAST con la quale possiamo trovare tutte le regioni possibili a cui un primer si può legare. Lo strumento NCBI Primer-BLAST integra progettazione di primer e ricerca BLAST in una sola applicazione. Possono, inoltre, essere eseguite simulazioni al computer di risultati teorici di PCR (PCR Elettronico) per aiutarci nella progettazione di primer.
== Voci correlate ==
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