Nel 1785, per decreto di [[Carlo III di Spagna|Carlo III]], gli archivi del [[ConsejoConsiglio dedelle IndiasIndie]] (Consiglio''Consejo dellede IndieIndias'') vennero ospitati in questa sede, al fine di unificare sotto un unico tetto tutti i documenti riguardanti l'[[impero spagnolo]], che fino a quel tempo erano dispersi in vari archivi, tra cui [[Simancas]], [[Cadice]] e Siviglia. La responsabilità del progetto venne assegnata a José de Gálvez y Gallardo, Segretario delle Indie, che dipendeva dallo storico Juan Bautista Muñoz per quanto riguarda l'esecuzione dei piani. Vi furono due principali motivazioni per questo progetto; oltre allo scarso spazio disponibile presso l<nowiki>'</nowiki>''[[Archivo General de Simancas]]'' (archivio centrale della Corona Spagnola) vi fu la speranza, nello spirito dell'[[Illuminismo]], che gli storici spagnoli tenessero traccia dell'imperialismo spagnolo. Venne deciso che tutti i documenti redatti dopo il 1760 avrebbero dovuto essere conservati qui.
Il primo dei documenti arrivò nell'ottobre 1785. Si resero necessarie alcune ristrutturazioni della ''Casa Lonja'' per sistemare il materiale, e quindi venne aggiunta una grande scalinata di marmo secondo il progetto di Lucas Cintara del 1787.
