Nel 2013 è stata creata una versione superakedsupernaked denominata S 1000 R. Il suo propulsore quattro cilindri in linea da 999 cm³ eroga una potenza di 160 cv con velocità massima di 260 km/h. Esso viene gestito da un cambio a sei rapporti ad innesti frontali Il design è stato rivisto pur mantenedo alcuni elementi della versione originale. Il manubrio è tubolare in alluminio e implementa un contagiri di tipo analogico e un computer di bordo. L’iniezione di carburante sequenziale selettiva avviene con due iniettori per cilindro. Per migliorare la guidabilità sono stati introdotti nuovi condotti della testata cilindri e nuovi alberi a camme dal profilo rivisto. Come sistemi di sicurezza sono presenti il Race-Abs e l'ASC. <ref>{{Cita news|lingua=|autore=Claudio Galiena|url=http://www.motoblog.it/post/275135/bmw-s-1000-r-il-test-di-motoblog|titolo=BMW S 1000 R 2014: il test di motoblog|pubblicazione=Motoblog.it|data=05 dicembre 2013|accesso=09 dicembre 2013}}</ref>
