Altıntop iniziò a giocare nel [[SG WattenscheidSportgemeinschaft 09 Wattenscheid|Wattenscheid 09]] insieme a suo fratello. Quando lui sì trasferì al [[1. FCFußball-Club Kaiserslautern|Kaiserslautern]], il fratello passò allo [[FC Schalke 04|Schalke 04]].
Con il Kaiserslautern ha debuttato il 16 ottobre [[2003]] nelle [[Coppe calcistiche europee|coppe europee]], nella partita di [[Coppa UEFA]] [[FK Teplice|Teplice]]-Kaiserslautern (1-0), entrando al 56' per sostituire [[Miroslav Klose]]. Nella [[Campionato di calcio tedescoFußball-Bundesliga 2005-2006|stagione 2005-2006]] Altıntop si piazzò al terzo posto della classifica marcatori della [[Fußball-Bundesliga|Bundesliga]] con 20 gol.
A fine stagione raggiunse il fratello allo Schalke 04, insieme a cui giocò per una stagione prima che quest'ultimo si trasferisse al [[Fußball-Club Bayern München|Bayern Monaco]]. Ha debuttato in [[UEFA Champions League|Champions League]] il 18 settembre [[2007]] in Schalke 04-[[Valencia Club de Fútbol|Valencia]] (0-1).
Il 28 gennaio 2010 va in prestito al [[Eintracht Frankfurt|Eintracht Francoforte]].<ref>{{cita web|url=http://www.calciomercato.it/news/70528/Ufficiale---Un-Altintop-a-Francoforte.html|titolo=Ufficiale: Altintop a Francoforte|data=28-01-2010}}</ref> e il 2 luglio seguente viene riscattato.<ref>{{cita web|url=http://www.tuttomercatoweb.com/?action=read&id=216205|titolo = Ufficiale: Eintracht Francoforte, riscattato Altintop|data = 24-11-2010}}</ref>
IlPassato al [[Trabzonspor Kulübü|Trabzonspor]], il 22 novembre [[2011]] segna il gol del definitivo 1-1 in [[UEFA Champions League|Champions League]] contro l'[[Football Club Internazionale Milano|Inter]]. Il 28 giugno [[2013]] risolve consensualmente il contratto col [[Trabzonspor Kulübü|Trabzonspor]].
Il 281º giugnoluglio [[2013]] risolve consesualmente il contratto col [[Trabzonspor]]. 3 giorni dopo firma con l'[[Fußball-Club Augsburg 1907|Augsburg FC]].<ref>{{cita web|url=http://www1.skysports.com/football/news/12040/8800481/Bundesliga-Augsburg-sign-Halil-Altintop|titolo = Ufficiale: Augbsurg, preso Altintop|data = 01-07-2013}}</ref> Il 2 maggio [[2015]] rinnova il proprio contratto con la squadra fino al [[2017]].<brref>[http://www.tuttomercatoweb.com/europa/ufficiale-augsburg-tris-di-rinnovi-manninger-altintop-e-verhaegh-675716 UFFICIALE: Augsburg, tris di rinnovi: Manninger, Altintop e Verhaegh] </ref>
Il 2 maggio [[2015]] rinnova il proprio contratto con la squadra fino al [[2017]].<ref>[http://www.tuttomercatoweb.com/europa/ufficiale-augsburg-tris-di-rinnovi-manninger-altintop-e-verhaegh-675716 UFFICIALE: Augsburg, tris di rinnovi: Manninger, Altintop e Verhaegh] </ref>
