I formainiferiforaminiferi moderni sono essenzialmente organismi marini, ma si incontrano alcuni individui anche in acque dolci o salmastre<ref name=Sen_Gupta83>{{Cita libro|curatore-nome=T.W. |curatore-cognome=Broadhead |nome=Barun K. |cognome=Sen Gupta |capitolo=Ecology of benthic Foraminifera |titolo=Foraminifera: notes for a short course organized by M.A. Buzas and B.K. Sen Gupta |url=http://books.google.com/books?id=33hOAQAAIAAJ |anno=1982 |editore=University of Tennessee, Dept. of Geological Sciences |serie=Studies in Geology |volume=6 |pp=37–50 |isbn=0-910249-05-9 |oclc=9276403}}</ref> e addirittura in ambiente terrestre.<ref name="Lej" /> La maggioranza delle specie sono [[benthos|bentoniche]], ma vi sono anche una quarantina di morfospecie [[plancton]]iche.<ref name=Hemleben>{{Cita libro|nome=C. |cognome=Hemleben |nome2=O.R. |cognome2=Anderson |nome3=M. |cognome3=Spindler |titolo=Modern Planktonic Foraminifera |url=http://books.google.com/books?id=NaHOmAEACAAJ |anno=1989 |editore=Springer-Verlag |isbn=978-3-540-96815-3}}</ref> Questo conteggio potrebbe anche rappresentare solo una frazione dell'effettiva biodiversità perché molte delle specie geneticamente discrepantidiverse possono anche essere morfologicamente indistinguibili.<ref name = "Kucera and Darling">{{Cita pubblicazione|cognome=Kucera |nome=M. |cognome2=Darling |nome2=K.F. |titolo=Cryptic species of planktonic foraminifera: their effect on palaeoceanographic reconstructions |rivista=Philos Trans A Math Phys Eng Sci |volume=360 |numero=1793 |pp=695–718 |data=April 2002 |pmid=12804300 |doi=10.1098/rsta.2001.0962 }}</ref>
Alcuni foraminiferi hanno come [[endosimbiosi|endosimbionti]] delle alghe unicellulari, che possono essere [[alghe verdi]], [[Rhodophyta|alghe rosse]], [[Chrysophyceae|alghe dorate]], [[diatomee]] e [[dinoflagellati]].<ref name = "Hemleben"/> Alcuni foraminiferi sono cleptoplastici e trattengono i [[cloroplasti]] ingeriti dalle alghe per effettuare la [[fotosintesi]].<ref name="Bernhard and Bowser">{{Cita pubblicazione|titolo= Benthic Foraminifera of dysoxic sediments: chloroplast sequestration and functional morphology|anno= 1999|cognome= Bernhard|nome=J. M.|autore2=Bowser, S.M.|rivista= Earth Science Reviews|volume= 46|pp= 149–165|doi = 10.1016/S0012-8252(99)00017-3|bibcode=1999ESRv...46..149B}}</ref>
